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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ho5 | ||||||
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タイトル | 5'-NUCLEOTIDASE (E. COLI) IN COMPLEX WITH ADENOSINE AND PHOSPHATE | ||||||
要素 | 5'-NUCLEOTIDASE5'-ヌクレオチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / metalloprotein (金属タンパク質) / domain movement | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / nucleotide catabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Knoefel, T. / Straeter, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Mechanism of hydrolysis of phosphate esters by the dimetal center of 5'-nucleotidase based on crystal structures. 著者: Knofel, T. / Strater, N. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: E. COLI 5'-NUCLEOTIDASE UNDERGOES A HINGE-BENDING DOMAIN ROTATION RESEMBLING A BALL-AND-SOCKET MOTION 著者: Knoefel, T. / Straeter, N. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: X-ray structure of the Escherichia coli periplasmic 5'-nucleotidase containing a dimetal catalytic site 著者: Knoefel, T. / Straeter, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ho5.cif.gz | 224.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ho5.ent.gz | 176.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ho5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1ho5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1ho5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58277.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: USHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DS956 参照: UniProt: P07024, 5'-ヌクレオチダーゼ, UDP-sugar diphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: sodium citrate, lithium chloride, potassium phosphate, adenosine, manganese chloride, PEG monomethylether 5000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Knofel, T., (2001) J.Mol.Biol., 309, 255. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月25日 |
放射 | モノクロメーター: bent single-crystal germanium triangular monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 69235 / Num. obs: 69235 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ush 解像度: 2.1→29.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2757655.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.2 Å2 / ksol: 0.3247 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.269 |