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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ush | ||||||
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Title | 5'-NUCLEOTIDASE FROM E. COLI | ||||||
![]() | 5'-NUCLEOTIDASE![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Knofel, T. / Strater, N. | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray structure of the Escherichia coli periplasmic 5'-nucleotidase containing a dimetal catalytic site. Authors: Knofel, T. / Strater, N. #1: ![]() Title: Nucleotide Sequence and Transcriptional Analysis of the E. Coli Usha Gene, Encoding Periplasmic Udp-Sugar Hydrolase (5'-Nucleotidase): Regulation of the Usha Gene, and the Signal Sequence of ...Title: Nucleotide Sequence and Transcriptional Analysis of the E. Coli Usha Gene, Encoding Periplasmic Udp-Sugar Hydrolase (5'-Nucleotidase): Regulation of the Usha Gene, and the Signal Sequence of its Encoded Protein Product Authors: Burns, D.M. / Beacham, I.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 208.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 173.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.978658, -0.030984, -0.203148), Vector ![]() |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 60894.766 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-WO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | pH: 6.5 / Details: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7.5 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 1, 1998 |
Radiation | Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.22→30 Å / Num. obs: 70373 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 13 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.27 Å / Redundancy: 4.2 % / Rsym value: 0.35 / % possible all: 95.1 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 196559 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Displacement parameters | Biso mean: 41.4 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.22→8 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: UNRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.22→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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Software | *PLUS Name: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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