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Yorodumi- PDB-3vth: Crystal structure of full-length HypF in the phosphate- and nucle... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vth | ||||||
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Title | Crystal structure of full-length HypF in the phosphate- and nucleotide-bound form | ||||||
Components | Hydrogenase maturation factor | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / carbamoyltransfer / maturation of [NiFe]-hydrogenase / carbamoylphosphate / iron / HypE | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ligases; Forming carbon-sulfur bonds / acylphosphatase activity / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ligase activity / double-stranded RNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoanaerobacter tengcongensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Shomura, Y. / Higuchi, Y. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Structural basis for the reaction mechanism of S-carbamoylation of HypE by HypF in the maturation of [NiFe]-hydrogenases Authors: Shomura, Y. / Higuchi, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vth.cif.gz | 574.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vth.ent.gz | 488.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vth.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vth | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 86867.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoanaerobacter tengcongensis (bacteria) Strain: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / Gene: HypF, TTE0131 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q8RDB0, Transferases; Transferring one-carbon groups; Carboxy- and carbamoyltransferases |
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-Non-polymers , 8 types, 528 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1M imidazole, 1.8M Na/K phosphate, 0.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 29, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→20 Å / Num. all: 135176 / Num. obs: 135176 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6623 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.191 / SU ML: 0.104 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.149 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.815 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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