[日本語] English
万見
- PDB-1hji: BACTERIOPHAGE HK022 NUN-PROTEIN-NUTBOXB-RNA COMPLEX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hji
タイトルBACTERIOPHAGE HK022 NUN-PROTEIN-NUTBOXB-RNA COMPLEX
要素
  • NUN-PROTEIN
  • RNA (5-R(P*GP*CP*CP*CP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*C)-3)
キーワードBACTERIOPHAGE HK022 / TERMINATION / PEPTIDE-RNA-COMPLEX / PEPTIDE-RNA-RECOGNITION / PROTEIN/RNA
機能・相同性negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DNA-templated transcription termination / リボ核酸 / RNA (> 10) / Transcription termination factor nun
機能・相同性情報
生物種BACTERIOPHAGE LAMBDA (λファージ)
BACTERIOPHAGE HK022 (ファージ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Faber, C. / Schaerpf, M. / Becker, T. / Sticht, H. / Roesch, P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The Structure of the Coliphage Hk022 Nun Protein-Lambda-Phage Boxb RNA Complex. Implications for the Mechanism of Transcription Termination
著者: Faber, C. / Schaerpf, M. / Becker, T. / Sticht, H. / Roesch, P.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Antitermination in Bacteriophage Lambda: The Structure of the N36 Peptide-Boxb RNA Complex
著者: Schaerpf, M. / Sticht, H. / Schweimer, K. / Boehm, M. / Hoffmann, S. / Roesch, P.
履歴
登録2001年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_nmr_representative / Item: _pdbx_nmr_representative.conformer_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (5-R(P*GP*CP*CP*CP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*C)-3)
B: NUN-PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0222
ポリマ－8,0222
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 120LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5-R(P*GP*CP*CP*CP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*C)-3)


分子量: 4853.994 Da / 分子数: 1 / 断片: BACTERIOPHAGE LAMBDA NUTBOXB-RNA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NUTBOXB-RNA FROM THE NUTR-SEQUENCE
由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE LAMBDA (λファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド NUN-PROTEIN


分子量: 3167.657 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL BINDING-DOMAIN, RESIDUES 19-44 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACTERIOPHAGE HK022 (ファージ) / 参照: UniProt: P18683

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY

-
試料調製

試料状態イオン強度: 90 mM / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 301.0 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
NDEE構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る