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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gk9 | ||||||
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タイトル | Crystal structures of penicillin acylase enzyme-substrate complexes: Structural insights into the catalytic mechanism | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McVey, C.E. / Walsh, M.A. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Brannigan, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Penicillin Acylase Enzyme-Substrate Complexes: Structural Insights Into the Catalytic Mechanism 著者: Mcvey, C.E. / Walsh, M.A. / Dodson, G.G. / S, K. / Brannigan, J.A. #1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1990 タイトル: Expression, Purification and Crystallisation of Penicillin G Acylase from Escherichia Coli Atcc 11105 著者: Hunt, P.D. / Tolley, S.P. / Ward, R.J. / Hill, C.P. / Dodson, G.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28963.695 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL NUCLEOPHILE DOMAIN RESIDUES 29-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 62429.496 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 287-846 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: McVey, C.E., (1997) Acta Crystallog., D53, 777. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 190229 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 82 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 651295 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1PNK 解像度: 1.3→20 Å / SU B: 0.7 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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