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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1k7d | ||||||
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Title | Penicillin Acylase with Phenyl Proprionic Acid | ||||||
![]() |
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hensgens, C.M.H. / Keizer, E. / Snijder, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and kinetic studies on ligand binding in wild-type and active-site mutants of penicillin acylase. Authors: Alkema, W.B.L. / Hensgens, C.M.H. / Snijder, H.J. / Keizer, E. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 171.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 131.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1jx9C ![]() 1k5qC ![]() 1k5sC ![]() 1kecC ![]() 1pnkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23838.822 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 62429.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Chemical | ChemComp-GRO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: MOPS BUFFER, PEG MME 2K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MACSCIENCE / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 1, 2000 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.15→30 Å / Num. all: 40070 / Num. obs: 38187 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.74 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 87.5 |
Reflection | *PLUS Num. obs: 36555 / % possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 64473 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.14 Å / % possible obs: 87.5 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 1PNK Resolution: 2.15→30.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.026 / SU ML: 0.211 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.2 / Stereochemistry target values: ENGH & HUBER
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.081 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→30.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Highest resolution: 2.15 Å / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.222 / Total num. of bins used: 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 30 Å / Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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