ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | CNS | 0.5 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: MAD PHASING / 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 346794.7 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: cns / 詳細: Used Maximum likelihood target
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.262 | 1467 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.21 | - | - | - |
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all | 0.21256 | 30523 | - | - |
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obs | 0.21 | 29715 | 97.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.92 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 7.96 Å2 | 0 Å2 | -2.83 Å2 |
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2- | - | -4.74 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.22 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.32 Å | 0.24 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.23 Å | 0.17 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3585 | 0 | 24 | 341 | 3950 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.72 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.306 | 218 | 5 % |
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Rwork | 0.25 | 4186 | - |
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obs | - | - | 86.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33.7 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.72 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.306 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.25 |
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