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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eeq | ||||||
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タイトル | M4L/Y(27D)D/T94H Mutant of LEN | ||||||
要素 | KAPPA-4 IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN) | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Human Kappa-4 Immunoglobulin Light chain / Protein Stability (フォールディング) / Hydrogen Bonds (水素結合) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Pokkuluri, P.R. / Raffen, R. / Dieckman, L. / Boogaard, C. / Stevens, F.J. / Schiffer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2002 タイトル: Increasing protein stability by polar surface residues: domain-wide consequences of interactions within a loop. 著者: Pokkuluri, P.R. / Raffen, R. / Dieckman, L. / Boogaard, C. / Stevens, F.J. / Schiffer, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eeq.cif.gz | 65 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eeq.ent.gz | 46.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eeq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1eeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1eeq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1lveS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homo dimer formed by chains A and B. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12620.931 Da / 分子数: 2 / 変異: M4L/Y(27D)D/T94H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PASK40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01625, UniProt: P06312*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 10% 2-propanol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 45022 / Num. obs: 44489 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 46.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 4271 / % possible all: 95.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LVE. Dimer generated by crystallographic operation. Atoms beyond CB removed for mutated residues. 解像度: 1.5→7.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1244368.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.82 Å2 / ksol: 0.503 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→7.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3C / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.255 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.22 |