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- PDB-1c38: SOLUTION STRUCTURE OF A QUADRUPLEX FORMING DNA AND ITS INTERMEDIATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c38
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A QUADRUPLEX FORMING DNA AND ITS INTERMEDIATE
要素DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / APTAMER (アプタマー) / THROMBIN BINDING (トロンビン) / POTASSIUM (カリウム) / METAL ION BINDING SITES / QUADRUPLEX / INTERMEDIATE
機能・相同性: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / THE DNA-POTASSIUM STRUCTURE WAS MINIMIZED IN 500 STEPS OF POWELL'S CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION.
データ登録者Bolton, P.H. / Marathias, V.M. / Wang, K.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Structures of the potassium-saturated, 2:1, and intermediate, 1:1, forms of a quadruplex DNA.
著者: Marathias, V.M. / Bolton, P.H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Determination of the Number and Location of the Manganese Binding Sites of DNA Quadruplexes in Solution by EPR and NMR in the Presence and Absence of Thrombin
著者: Bolton, P.H. / Marathias, V.M. / Wang, K.
履歴
登録1999年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,52521
ポリマ－4,7431
非ポリマー78220
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 4743.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THROMBIN BINDING APTAMER INTERMEDIATE WITH MULTIPLE POTASSIUM MINIMIZATIONS
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE 10 POTASSIUM POSITIONS IN EACH QUARTET ARE THE LOWEST ENERGY POSITION CALCULATED USING X-PLOR AND BASED ON THE REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE INTERMEDIATE APTAMER QUADRUPLEX. THE ...Text: THE 10 POTASSIUM POSITIONS IN EACH QUARTET ARE THE LOWEST ENERGY POSITION CALCULATED USING X-PLOR AND BASED ON THE REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE INTERMEDIATE APTAMER QUADRUPLEX. THE DISPERSION OF THE POTASSIUM POSITION INDICATE THE BINDING SITE STABILITY.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: THE DNA-POTASSIUM STRUCTURE WAS MINIMIZED IN 500 STEPS OF POWELL'S CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION.
ソフトェア番号: 1
詳細: X-PLOR 3.1 WAS USED TO DETERMINE THE MINIMUM ENERGY POSITIONS OF THE POTASSIUM IONS. A VAN DER WALLS RADIUS OF 1.96 A AND A CHARGE OF PLUS ONE WAS USED FOR EACH POTASSIUM ION. A DISTANCE- ...詳細: X-PLOR 3.1 WAS USED TO DETERMINE THE MINIMUM ENERGY POSITIONS OF THE POTASSIUM IONS. A VAN DER WALLS RADIUS OF 1.96 A AND A CHARGE OF PLUS ONE WAS USED FOR EACH POTASSIUM ION. A DISTANCE-DEPENDENT DIELECTRIC FUNCTION WAS INCLUDED IN THE NON-BONDED TERMS. THE OPTIONS FOR THE DISTANCE-DEPENDENT DIELECTRIC FUNCTION USED IN THIS PROTOCOL INVOLVE USING A VAN DER WAALS FUNCTION IN COMBINATION WITH A ELECTROSTATIC FUNCTION AND A 1/R-DEPENDENT DIELECTRIC FUNCTION, WHERE R INDICATES THE DISTANCE BETWEEN ATOMS (COULOMB'S LAW). IN ORDER TO SIMULATE AN AQUEOUS ENVIRONMENT, THE DIELECTRIC CONSTANT OF THE SYSTEM WAS SET TO 64. THE SWITCHING FUNCTION FOR THE NON-BONDED INTERACTIONS WAS ACTIVE BETWEEN 7.5 AND 10.0 A. THE NON-BONDED INTERACTION CUT-OFF WAS SET TO BE A SMOOTH TRANSITION BETWEEN 0.5 AND 10.0 A. THE DNA/POTASSIUM COMPLEXES WERE SUBJECTED TO A 500-STEP MINIMIZATION ALLOWING ONLY THE POTASSIUM TO MOVE WHILE THE DNA WAS HELD RIGID. ENERGY MINIMIZATION'S WERE RUN WITH VARIOUS STARTING POSITIONS FOR THE POTASSIUM IONS IN ORDER TO DETERMINE IF THE INITIAL POSITION HAD AN EFFECT ON THE MINIMIZED POSITION. RANDOM STARTING POSITIONS OF THE K+ FROM 5 TO 10 A AWAY FROM THE DNA WERE USED AND THE FINAL RESULTS WERE FOUND TO BE INDEPENDENT OF THE INITIAL COORDINATES OF THE POTASSIUM. THE MINIMIZATIONS WERE CARRIED OUT FIRST WITH ONE POTASSIUM ION PER QUADRUPLEX AND THEN WITH TWO PER QUADRUPLEX. THE POSITION OF THE FIRST BINDING SITE DID NOT CHANGE, UPON ADDITION OF THE SECOND POTASSIUM, FOR EITHER DNA. ADDITIONAL MINIMIZATIONS DID NOT CHANGE THE POSITIONS OF THE POTASSIUM IONS.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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