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万見
- PDB-1q3j: Solution structure of ALO3: a new knottin-type antifungal peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q3j
タイトルSolution structure of ALO3: a new knottin-type antifungal peptide from the insect Acrocinus longimanus
要素ALO3
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / knottin / cystine-knot
機能・相同性Gurmarin/antimicrobial peptide / Antifungal peptide / Gurmarin/antifungal peptide / Antimicrobial peptide, C6 type, conserved site / Plant C6 type antimicrobial peptide (AMP) signature. / defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region / Antimicrobial peptide Alo-3
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing with torsion angle space
データ登録者Barbault, F. / Landon, C. / Guenneugues, M. / Meyer, J.P. / Schott, V. / Dimarrcq, J.L. / Vovelle, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution structure of Alo-3: a new knottin-type antifungal peptide from the insect Acrocinus longimanus.
著者: Barbault, F. / Landon, C. / Guenneugues, M. / Meyer, J.P. / Schott, V. / Dimarcq, J.L. / Vovelle, F.
履歴
登録2003年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALO3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8811
ポリマ－3,8811
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy and the least restraint violations
代表モデルモデル #4lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALO3


分子量: 3881.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. The sequence of the peptide is naturally found in Acrocinus longimanus (giant harlequin beetle).
参照: UniProt: P83653

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
121DQF-COSY
2312D TOCSY
1412D NOESY
1522D TOCSY
162kinetics exchange
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1peptide at 1.2mM, acetate buffer at 40mM, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
2peptide at 1.2mM, acetate buffer at 40mM, 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15.2 ambient 293 K
25.2 ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.2Delaglio, F.解析
NMRview5Johnson, B.A.データ解析
ARIA1.1Nilges, M.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
Molmol2k1Koradi, R.データ解析
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: simulated annealing with torsion angle space / ソフトェア番号: 1
詳細: Determination of disulfide pattern was done using ambiguous disulfide restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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