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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bp0 | ||||||
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タイトル | THYMIDYLATE SYNTHASE R23I MUTANT | ||||||
![]() | PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE) | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morse, R. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Energetic contributions of four arginines to phosphate-binding in thymidylate synthase are more than additive and depend on optimization of "effective charge balance". 著者: Morse, R.J. / Kawase, S. / Santi, D.V. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. #1: ![]() タイトル: Stereochemistry of a Multistep/Bipartite Methyl Transfer Reaction: Thymidylate Synthase 著者: Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S. #2: ![]() タイトル: Refined Structures of Substrate-Bound and Phosphate-Bound Thymidylate Synthase from Lactobacillus Casei 著者: Finer-Moore, J.S. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #3: ![]() タイトル: Atomic Structure of Thymidylate Synthase: Target for Rational Drug Design 著者: Hardy, L.W. / Finer-Moore, J.S. / Montfort, W.R. / Jones, M.O. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36586.418 Da / 分子数: 1 / 変異: R23I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: CHI-2913 / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PKPTSD / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-K / |
#3: 化合物 | ChemComp-UMP / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
非ポリマーの詳細 | K A 52 IS A POSSIBLE POTASSIUM ION THAT LIES ON A MOLECULAR AND CRYSTALLOG |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Finer-Moore, J.S., (1993) J.Mol.Biol., 232, 1101. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE MONOCHROMETER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16217 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 8.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1TDM ![]() 1tdm 解像度: 2.4→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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