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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nja | ||||||
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タイトル | THYMIDYLATE SYNTHASE, MUTATION, N229C WITH 2'-DEOXYCYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DCMP) | ||||||
要素 | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) / TRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / メチル化 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus casei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Partitioning roles of side chains in affinity, orientation, and catalysis with structures for mutant complexes: asparagine-229 in thymidylate synthase. 著者: Finer-Moore, J.S. / Liu, L. / Schafmeister, C.E. / Birdsall, D.L. / Mau, T. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #1: ジャーナル: Faseb J. / 年: 1993 タイトル: Stereochemistry of a Multistep/Bipartite Methyl Transfer Reaction: Thymidylate Synthase 著者: Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Refined Structures of Substrate-Bound and Phosphate-Bound Thymidylate Synthase from Lactobacillus Casei 著者: Finer-Moore, J. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Exclusion of 2'-Deoxycytidine 5'-Monophosphate by Asparagine 229 of Thymidylate Synthase 著者: Liu, L. / Santi, D.V. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Mutation of Asparagine 229 to Aspartate in Thymidylate Synthase Converts the Enzyme to a Deoxycytidylate Methylase 著者: Liu, L. / Santi, D.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nja.cif.gz | 78.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nja.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/1nja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/1nja | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36619.492 Da / 分子数: 1 / 変異: N229C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 解説: PURCHASED FROM SIGMA / 遺伝子: N229C MUTANT OF CLONED L. CASE / プラスミド: PKPTSD 遺伝子 (発現宿主): N229C MUTANT OF CLONED L. CASEI TS 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 株 (発現宿主): STRAIN CHI-2913 (WHICH LACKS A THYMIDYLATE SYNTHASE GENE) 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-DCM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17232 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 45354 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→7 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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