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万見
- PDB-1bhy: LOW TEMPERATURE MIDDLE RESOLUTION STRUCTURE OF P64K FROM MASC DATA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bhy
タイトルLOW TEMPERATURE MIDDLE RESOLUTION STRUCTURE OF P64K FROM MASC DATA
要素P64K
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN / MASC / MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS SOLVENT CONTRAST
機能・相同性
機能・相同性情報


ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Biotin-requiring enzyme / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Biotinyl/lipoyl domain profile. ...ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Biotin-requiring enzyme / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Ramin, M. / Shepard, W. / Fourme, R. / Kahn, R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Multiwavelength anomalous solvent contrast (MASC): derivation of envelope structure-factor amplitudes and comparison with model values.
著者: Ramin, M. / Shepard, W. / Fourme, R. / Kahn, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Molecular Structure of the Lipoamide Dehydrogenase Domain of a Surface Antigen from Neisseria Meningitidis
著者: Li De La Sierra, I. / Pernot, L. / Prange, T. / Saludjian, P. / Schiltz, M. / Fourme, R. / Padron, G.
履歴
登録1998年6月10日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.type / _software.name
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P64K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5842
ポリマ－50,7981
非ポリマー7861
水0
1
A: P64K
ヘテロ分子

A: P64K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1674
ポリマ－101,5962
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area11110 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area35180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.620, 140.620, 77.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 P64K


分子量: 50797.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) / 参照: UniProt: Q51225
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULPHATE
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Li De La Sierra, I., (1994) J.Mol.Biol., 235, 1154.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
20.02 MTris-HCl1drop
30.006 MEDTA1drop
40.15 M1dropNaCl
50.1 Mpotassium phosphate1reservoir
62 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 124 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.18→100 Å / Num. obs: 6008 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 4.18→4.29 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / Rsym value: 0.06 / % possible all: 78
反射
*PLUS
Num. measured all: 44222

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Agrovata(CCP4)データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, RIGID BODY REFINEMENT
開始モデル: 1OJT

1ojt


解像度: 4.18→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.323 10 %RANDOM
Rwork0.338 --
obs0.338 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.18→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 53 0 3616

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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