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万見
- PDB-1bhw: LOW TEMPERATURE MIDDLE RESOLUTION STRUCTURE OF XYLOSE ISOMERASE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bhw
タイトルLOW TEMPERATURE MIDDLE RESOLUTION STRUCTURE OF XYLOSE ISOMERASE FROM MASC DATA
要素XYLOSE ISOMERASEキシロースイソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / MASC / MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS SOLVENT CONTRAST
機能・相同性
機能・相同性情報


キシロースイソメラーゼ / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / キシロースイソメラーゼ / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
キシロースイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoplanes missouriensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Ramin, M. / Shepard, W. / Fourme, R. / Kahn, R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Multiwavelength anomalous solvent contrast (MASC): derivation of envelope structure-factor amplitudes and comparison with model values.
著者: Ramin, M. / Shepard, W. / Fourme, R. / Kahn, R.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Structural Analysis of the 2.8 A Model of Xylose Isomerase from Actinoplanes Missouriensis
著者: Rey, F. / Jenkins, J. / Janin, J. / Lasters, I. / Alard, P. / Claessens, M. / Matthyssens, G. / Wodak, S.
履歴
登録1998年6月10日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOSE ISOMERASE
B: XYLOSE ISOMERASE
C: XYLOSE ISOMERASE
D: XYLOSE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,5904
ポリマ－173,5904
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32180 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area46780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.910, 141.910, 227.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
XYLOSE ISOMERASE / キシロースイソメラーゼ


分子量: 43397.465 Da / 分子数: 4 / 変異: H220N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes missouriensis (バクテリア)
プラスミド: PMA5-I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K527 / 参照: UniProt: P12851, キシロースイソメラーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 124 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.99
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.12→105.4 Å / Num. obs: 19684 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 4.12→4.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Mean I/σ(I) obs: 16.1 / Rsym value: 0.041 / % possible all: 75
反射
*PLUS
Num. measured all: 110358

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, RIGID BODY REFINEMENT
開始モデル: 1XIN

1xin


解像度: 4.1→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.321 10 %RANDOM
Rwork0.315 --
obs0.315 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12248 0 0 0 12248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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