PDB-3dgz: Crystal Structure of Mouse Mitochondrial Thioredoxin Reductase, C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dgz

タイトル

Crystal Structure of Mouse Mitochondrial Thioredoxin Reductase, C-terminal 3-residue truncation

要素

Thioredoxin reductase 2

チオレドキシンジスルフィドレダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / rossmann /

flavoprotein (フラボタンパク質) / FAD /

Mitochondrion (ミトコンドリア) /

NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Redox-active center /

Selenium (セレン) /

Selenocysteine (セレノシステイン) / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

response to oxygen radical / Detoxification of Reactive Oxygen Species /

チオレドキシンジスルフィドレダクターゼ / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity /

造血 / cell redox homeostasis /

heart development /

flavin adenine dinucleotide binding /

神経繊維 / neuronal cell body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Eckenroth, B.E. / Hondal, R.J. / Everse, S.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Mitochondrial Thioredoxin Reductase, C-terminal 3-residue truncation
著者: Eckenroth, B.E. / Hondal, R.J. / Everse, S.J.

履歴

登録	2008年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgz	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2j3n-1 3eao-1 2zz0-2 2j3n-2 1zkq-1 2wp6-1 3ean-2 1bhy-1 1nda-2 2zzb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase 2

ヘテロ分子

54.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin reductase 2

ヘテロ分子

A: Thioredoxin reductase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.507, 110.507, 208.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 2 / チオレドキシンジスルフィドレダクターゼ / Thioredoxin reductase TR3 分子量: 52863.297 Da / 分子数: 1 断片: Mouse Mitochondrial Thioredoxin Reductase, C-terminal 3-residue truncation 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Txnrd2, Trxr2 / プラスミド: pTYB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 参照: UniProt: Q9JLT4, チオレドキシンジスルフィドレダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA7 / [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3-HYDROXY-4-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL [(2R,3S,4S)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE 分子量: 623.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₅O₁₆P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE WAS USED IN THE EXPERIMENT, HOWEVER NO DENSITY WAS ...NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE WAS USED IN THE EXPERIMENT, HOWEVER NO DENSITY WAS OBSERVED FOR THE NICOTINAMIDE DUE TO REDOX STATE

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M MES, 22% PEG 6000, 2% Ethylene Glycol, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5417 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: MAR mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 29523 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5.23 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 3.346 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 6.67 / Num. unique all: 1454 / Χ²: 3.268 / % possible all: 95.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→15.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.816 / SU B: 11.87 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	2967	10.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.2	29515	95.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.64 Å² / B_iso mean: 39.885 Å² / B_iso min: 9.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3679	0	92	189	3960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	3862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.185	1.984	5257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.624	5	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.385	24.408	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.909	15	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.879	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.176	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.339	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.092	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.056	1.5	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.578	2	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.996	3	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.207	4.5	1422

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.306 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	199	-
R_work	0.228	1974	-
all	-	2173	-
obs	-	-	98.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3625	-2.502	-0.3169	4.7012	-1.3675	5.4097	0.341	1.0851	0.4502	-0.4434	-0.3372	0.3987	-0.4456	-0.0083	-0.0038	-0.0109	0.1237	-0.0353	0.335	0.2114	-0.1224	79.903	110.468	-60.338
2	1.6062	-0.1543	0.6887	1.2435	-0.6359	2.1921	0.228	0.5492	-0.0069	-0.2752	-0.0581	0.0291	0.1838	0.2666	-0.1699	-0.1316	0.0757	-0.0245	0.0983	-0.0502	-0.2671	90.155	93.119	-47.264
3	3.9108	1.1519	1.2911	1.4105	-3.3468	13.3934	-0.1799	-0.1037	-0.5695	-0.057	0.0945	-0.1757	0.2841	0.3594	0.0854	-0.0413	0.009	-0.085	-0.0658	0.0804	-0.1085	84.076	82.007	-19.414
4	7.5056	1.392	-8.3682	4.4504	0.2303	11.5264	-0.3412	-0.076	-0.6565	-0.0169	-0.1723	-0.2563	1.1345	0.7587	0.5134	-0.0378	0.0268	-0.0508	-0.0516	-0.0997	-0.1331	87.984	78.568	-35.799
5	10.1689	7.1544	-8.7797	13.8666	0	0	0.6635	0.9195	-0.2354	-0.9891	-0.5992	0.3701	0.782	-0.0637	-0.0642	-0.0131	-0.0099	-0.0526	0.2063	-0.0503	-0.2448	79.747	92.851	-50.791
6	8.8419	0.1353	-1.4708	1.7953	-0.0835	3.9292	0.0659	0.813	0.7032	-0.44	0.0138	0.0626	-0.2337	-0.2361	-0.0798	0.1571	0.1581	-0.041	0.4067	0.1273	-0.1037	83.083	106.192	-64.393
7	2.8157	0.0781	0.2482	3.2593	-0.6767	7.3988	-0.0504	0.622	0.0399	-0.7419	0.2842	0.332	0.0995	-0.1356	-0.2339	0.049	-0.0456	0.0119	0.2611	0.1307	-0.1402	89.063	105.792	-66.385
8	4.7122	-1.259	1.0023	4.401	-1.2501	5.0628	0.27	0.7254	-0.0422	-0.5232	-0.1478	-0.4446	0.3734	0.5195	-0.1223	-0.0474	0.177	0.0558	0.1821	-0.095	-0.1882	102.753	88.633	-49.304
9	2.5032	0.6186	0.1235	3.5555	1.9225	1.784	0.0818	0.1448	0.0408	-0.0627	0.0649	-0.3467	0.1198	0.3216	-0.1466	-0.2588	0.0749	-0.0177	0.0175	-0.036	-0.169	103.053	95.462	-33.517
10	4.4298	1.4737	-1.227	3.9777	-0.7318	5.579	0.1767	0.6601	-0.5385	-0.2465	-0.0653	-0.5778	0.409	0.6253	-0.1114	-0.1624	0.2242	-0.0629	0.2017	-0.1074	0.017	111.027	85.015	-40.798
11	14.9527	12.93	8.5575	17.1922	15.4482	16.4598	-0.2244	0.6863	-0.2895	-0.399	0.8951	-1.3857	0.0206	1.9369	-0.6708	-0.0264	0.2014	0.0078	0.4595	-0.0665	0.1578	119.095	88.135	-39.238
12	1.4979	-1.5359	1.9571	6.3259	-3.6916	3.9092	-0.093	0.485	0.3474	-0.6408	-0.0246	-0.6736	0.1307	0.4339	0.1175	-0.0818	0.0363	0.1332	0.3041	0.0157	-0.0053	103.621	101.86	-54.055
13	9.1982	-2.2647	-4.6011	4.1623	4.9091	8.067	0.26	1.0189	1.0063	-0.6224	0.022	-0.3369	-1.1488	0.121	-0.2819	0.0546	0.0202	0.1052	0.3113	0.3706	0.1196	94.736	118.82	-56.774
14	3.9421	0.0241	1.1117	3.1246	-0.9228	5.1787	0.1306	0.3207	0.8346	-0.401	0.038	-0.1331	-0.2724	-0.2259	-0.1685	-0.0933	0.0567	0.0638	0.1434	0.202	-0.0136	86.973	115.177	-50.031
15	2.8782	-0.3523	0.1729	0.2278	0.5889	2.0254	0.0642	0.3717	0.5011	-0.1231	-0.0477	-0.1098	-0.2465	0.1849	-0.0166	-0.2377	-0.0095	-0.0172	-0.045	0.0627	-0.116	92.035	110.138	-35.073
16	5.4114	2.8998	-2.0539	6.4414	-1.3347	4.1647	0.3777	-0.1841	0.693	0.0734	-0.144	-0.3277	-0.5356	0.7012	-0.2337	-0.2721	-0.065	-0.0006	0.0369	-0.1199	0.0677	102.554	117.366	-22.023
17	4.9257	5.5076	1.7386	15.8683	-0.8179	1.5117	0.3766	-0.3064	-0.4686	0.3059	-0.3963	-0.7977	0.3924	0.2608	0.0196	-0.1435	0.0252	-0.0665	-0.0021	0.0179	-0.2148	89.959	92.919	-16.024
18	3.278	0.8079	-0.0952	1.3476	0.037	2.2576	0.0802	-0.0757	0.5726	-0.018	0.0227	-0.0801	-0.2079	0.0487	-0.1028	-0.2797	-0.0174	0.0045	-0.0934	-0.0426	-0.1145	91.846	113.098	-23.332
19	4.6258	1.8416	0.7867	1.9959	1.7677	1.8092	0.1721	-0.5034	0.3811	0.2363	-0.0871	0.0144	-0.1235	-0.0955	-0.0851	-0.233	-0.013	-0.0246	-0.0125	-0.0643	-0.1854	86.53	109.855	-14.872
20	19.9386	-5.1973	2.1749	8.6381	1.6239	17.9963	0.0111	-1.463	0.0943	0.978	-0.2806	-0.8972	0.508	0.0301	0.2696	-0.1118	-0.0292	-0.106	0.1311	-0.1559	-0.0651	102.402	110.936	-11.173
21	2.5126	0.6985	-0.1955	2.6178	-1.5311	0.9151	0.5973	0.6048	0.3117	-0.0625	-0.0827	0.1976	-0.069	1.6407	-0.5147	-0.0662	0.0854	-0.0276	0.2142	0.0622	-0.2268	91.564	102.378	-50.124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 35	4 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	36 - 72	36 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	73 - 83	73 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	84 - 98	84 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	99 - 112	99 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	113 - 133	113 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	134 - 158	134 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	159 - 187	159 - 187
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	188 - 237	188 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	238 - 258	238 - 258
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	259 - 272	259 - 272
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	273 - 305	273 - 305
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	306 - 321	306 - 321
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	322 - 353	322 - 353
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	354 - 378	354 - 378
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	379 - 397	379 - 397
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	398 - 409	398 - 409
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	410 - 456	410 - 456
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	457 - 477	457 - 477
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	478 - 485	478 - 485
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	B	500	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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