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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bho | ||||||
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タイトル | MAC-1 I DOMAIN MAGNESIUM COMPLEX | ||||||
要素 | CD11BIntegrin alpha M | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / INTEGRIN (インテグリン) / I DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement receptor mediated signaling pathway / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cargo receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / response to mechanical stimulus / forebrain development / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / positive regulation of superoxide anion generation / integrin-mediated signaling pathway / response to ischemia / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / 細胞接着 / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 細胞接着 / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / ISOMORPHOUS TO KNOWN PDB ENTRY 1IDN / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Baldwin, E.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Cation binding to the integrin CD11b I domain and activation model assessment 著者: Baldwin, E.T. / Sarver, R.W. / Bryant Jr., G.L. / Curry, K.A. / Fairbanks, M.B. / Finzel, B.C. / Garlick, R.L. / Heinrikson, R.L. / Horton, N.C. / Kelley, L.L. / Mildner, A.M. / Moon, J.B. / ...著者: Baldwin, E.T. / Sarver, R.W. / Bryant Jr., G.L. / Curry, K.A. / Fairbanks, M.B. / Finzel, B.C. / Garlick, R.L. / Heinrikson, R.L. / Horton, N.C. / Kelley, L.L. / Mildner, A.M. / Moon, J.B. / Mott, J.E. / Mutchler, V.T. / Tomich, C.S. / Watenpaugh, K.D. / Wiley, V.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bho.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bho.ent.gz | 68.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bho.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bho | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9648, 0.2629, 0.0044), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21689.836 Da / 分子数: 2 / 断片: MAC-1 ALPHA DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSE / 参照: UniProt: P11215 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % 解説: DATA WERE COLLECTED BY OSCILLATION WITH 0.25 DEGREE FRAME WIDTHS. | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 100MM MGCL2, 100 MM NA ACETATE 5.0, 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop PH範囲: 5.0-7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: reservoir was mixed 1:1 with 3 microlitter protein | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 9414 / % possible obs: 60.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 45 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 9702 / % possible obs: 60.4 % / Num. measured all: 42316 / Rmerge(I) obs: 0.101 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS TO KNOWN PDB ENTRY 1IDN 開始モデル: CD11B I DOMAIN METAL FREE PDB ENTRY 1IDN 解像度: 2.7→10 Å / σ(F): 2 詳細: PARAMETERS FROM SIELECKI ET AL. JMB 134, 781-804 1979
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
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拘束条件 |
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