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- PDB-1avg: THROMBIN INHIBITOR FROM TRIATOMA PALLIDIPENNIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avg
タイトルTHROMBIN INHIBITOR FROM TRIATOMA PALLIDIPENNIS
要素
  • (THROMBINトロンビン) x 2
  • TRIABIN
キーワードCOMPLEX (BLOOD COAGULATION/INHIBITOR) / BOVINE THROMBIN / THROMBIN INHIBITOR / COMPLEX (BLOOD COAGULATION-INHIBITOR) / COMPLEX (BLOOD COAGULATION-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / fibrinogen binding / トロンビン / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 凝固・線溶系 / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / fibrinogen binding / トロンビン / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 凝固・線溶系 / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Triabin/Procalin / Triabin / Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Calycin beta-barrel core domain / Kringle domain ...Triabin/Procalin / Triabin / Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Calycin beta-barrel core domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Calycin / Lipocalin / Few Secondary Structures / イレギュラー / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
トロンビン / Triabin
類似検索 - 構成要素
生物種Triatoma pallidipennis (カメムシ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fuentes-Prior, P. / Huber, R. / Bode, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Structure of the thrombin complex with triabin, a lipocalin-like exosite-binding inhibitor derived from a triatomine bug.
著者: Fuentes-Prior, P. / Noeske-Jungblut, C. / Donner, P. / Schleuning, W.D. / Huber, R. / Bode, W.
履歴
登録1997年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: THROMBIN
H: THROMBIN
I: TRIABIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6043
ポリマ－50,6043
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.840, 67.230, 183.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド THROMBIN / トロンビン


分子量: 4792.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: BOVINE THROMBIN WAS PURIFIED FROM FROM FRESH OX BLOOD ACCORDING TO REPORTED PROTOCOLS
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BLOOD血液 / Secretion: BLOOD / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P00735, トロンビン
#2: タンパク質 THROMBIN / トロンビン


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: BOVINE THROMBIN WAS PURIFIED FROM FROM FRESH OX BLOOD ACCORDING TO REPORTED PROTOCOLS
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BLOOD血液 / Secretion: BLOOD / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P00735, トロンビン
#3: タンパク質 TRIABIN


分子量: 16039.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Triatoma pallidipennis (カメムシ)
器官: BLOOD血液 / 発現宿主: INSECT CELLS / 参照: UniProt: Q27049
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ARG 15 A IS INSERTED IN THE ACTIVE SITE OF A NEIGHBORING MOLECULE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 50 MM NA ACETATE, PH 4.6, 100 MM (NH4)2SO4, 16 % PEG 4,000
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
250 mMNa acetate1drop
3100 mMammonium sulfate1drop
40.01 %1dropNaN3
58 %PEG40001drop
616 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.92 Å / Num. obs: 16392 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 14.22
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Rsym value: 0.148 / % possible all: 81.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 79890
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.842精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BOVINE THROMBIN

解像度: 2.6→10 Å
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 -5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 14627 93.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4304 0 0 172 4476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.92
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.842 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.92
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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