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万見
- PDB-1a2e: CRYSTAL STRUCTURE OF A DOUBLE-STRANDED DNA DECAMER CONTAINING A C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a2e
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DOUBLE-STRANDED DNA DECAMER CONTAINING A CISPLATIN INTERSTRAND CROSS-LINK ADDUCT
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*G)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / ANTITUMOR DRUG (化学療法 (悪性腫瘍)) / CIS-DDP (シスプラチン) / INTERSTRAND CROSS-LINK
機能・相同性シスプラチン / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Coste, F. / Zelwer, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a double-stranded DNA containing a cisplatin interstrand cross-link at 1.63 A resolution: hydration at the platinated site.
著者: Coste, F. / Malinge, J.M. / Serre, L. / Shepard, W. / Roth, M. / Leng, M. / Zelwer, C.
履歴
登録1998年1月5日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3913
ポリマ－6,0912
非ポリマー3001
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.890, 29.980, 46.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.98, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 2931.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PT(CPT) CROSSLINKS N7(G5) AND N7(G15)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 3159.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PT(CPT) CROSSLINKS N7(G5) AND N7(G15)
#3: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum / シスプラチン


分子量: 300.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.20
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 56 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.0825 MDNA1drop
220 mMsodium cacodylate1drop
35 mM1dropNaCl
430 mM1dropKCl
52.5 mMspermine1drop
62 %(v/v)MPD1drop
7MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW21B / 波長: 1.0711
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0711 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→46.13 Å / Num. obs: 7353 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.049 / % possible all: 91
反射
*PLUS
Num. obs: 7333 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 60517
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 11.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
SHELXL-96精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.63→20 Å / Num. parameters: 2176 / Num. restraintsaints: 2201 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: NUCLSQ
Rfactor反射数%反射
all0.1692 6983 -
obs0.1692 6983 93.1 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-223
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 479.67
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 3 92 499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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