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- EMDB-32464: Subcomplexes B,M and L in the Cylic electron transfer supercomple... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32464
タイトルSubcomplexes B,M and L in the Cylic electron transfer supercomplex NDH-PSI from Arabidopsis
マップデータ
試料
  • 複合体: Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase complex assembly / nitrite reductase complex [NAD(P)H] / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / chloroplast stromal thylakoid / チラコイド / protein histidine kinase binding / chloroplast membrane / P450-containing electron transport chain / chloroplast thylakoid ...NAD(P)H dehydrogenase complex assembly / nitrite reductase complex [NAD(P)H] / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / chloroplast stromal thylakoid / チラコイド / protein histidine kinase binding / chloroplast membrane / P450-containing electron transport chain / chloroplast thylakoid / ubiquinone biosynthetic process / チラコイド / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADPH dehydrogenase activity / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / photosynthetic electron transport in photosystem I / 色素体 / cyclosporin A binding / extrinsic component of membrane / NADH dehydrogenase activity / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / chloroplast thylakoid membrane / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / protein peptidyl-prolyl isomerization / 細胞呼吸 / 光合成 / 葉緑体 / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 電子伝達系 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / フォールディング / carbohydrate binding / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / PsbP, C-terminal / PsbP / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Oxygen-evolving enhancer protein 3 ...Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / PsbP, C-terminal / PsbP / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / PsbQ-like domain superfamily / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADHデヒドロゲナーゼ / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Cyclophilin-like domain superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Beta-grasp domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NDH dependent flow 6 / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NDH dependent flow 6 / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / thale cress (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Pan XW / Li M
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770778 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970264 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2022
タイトル: Supramolecular assembly of chloroplast NADH dehydrogenase-like complex with photosystem I from Arabidopsis thaliana.
著者: Xiaodong Su / Duanfang Cao / Xiaowei Pan / Lifang Shi / Zhenfeng Liu / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane- ...Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane-embedded NADH dehydrogenase-like (NDH) complex that contains at least 29 protein subunits and associates with photosystem I (PSI) to form the NDH-PSI supercomplex. Here, we report the 3.9 Å resolution structure of the Arabidopsis thaliana NDH-PSI (AtNDH-PSI) supercomplex. We constructed structural models for 26 AtNDH subunits, among which 11 are unique to chloroplasts and stabilize the core part of the NDH complex. In the supercomplex, one NDH can bind up to two PSI-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) complexes at both sides of its membrane arm. Two minor LHCIs, Lhca5 and Lhca6, each present in one PSI-LHCI, interact with NDH and contribute to supercomplex formation and stabilization. Collectively, our study reveals the structural details of the AtNDH-PSI supercomplex assembly and provides a molecular basis for further investigation of the regulatory mechanism of CEF in plants.
履歴
登録2021年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2022年3月16日-
現状2022年3月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7wff
  • 表面レベル: 0.03
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7wff
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32464.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32464.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.10214657 - 0.16794679
平均 (標準偏差)0.0003227866 (±0.005448986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ139118109
NX/NY/NZ123164187
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1020.1680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis

全体名称: Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis
要素
  • 複合体: Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NDH dependent flow 6
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis

超分子名称: Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 40.041859 KDa
配列文字列: MIIYATAVQT INSFVKLESL KEVYGLIWIF VPIFSLVLGI ITGVLVIVWL EREISAGIQQ RIGPEYAGPL GILQALADGT KLLFKENLR PSRGNTPLFS IGPSIAVISI LLSYSVIPFS NHLVLADLNI GIFLWIAISS IAPIGLLMSG YGSNNKYSFL G GLRAAAQS ...文字列:
MIIYATAVQT INSFVKLESL KEVYGLIWIF VPIFSLVLGI ITGVLVIVWL EREISAGIQQ RIGPEYAGPL GILQALADGT KLLFKENLR PSRGNTPLFS IGPSIAVISI LLSYSVIPFS NHLVLADLNI GIFLWIAISS IAPIGLLMSG YGSNNKYSFL G GLRAAAQS ISYEIPLTLC VLSISLLSNS LSTVDIVEAQ SKYGFWGWNL WRQPIGFIIF LISSLAECER LPFDLPEAEE EL IAGYQTE YSGIKFGLFY VASYLNLLIS SLFVTVLYLG GWNISIPYIS ILELFQRDQI FGTTIGIFIT LAKTYLFLFV SIA TRWTLP RLRMDQLLNL GWKFLLPISL GNLLLTTSFQ LFSL

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分子 #2: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 57.018625 KDa
配列文字列: MIWHVQNENF ILDSTRIFMK AFHLLLFDGS FIFPECILIF GLILLLMIDS TSDQKDIPWL YFISSTSFVM SITALLFRWR EEPMISFSG NFQTNNFNEI FQFLILLCST LCIPLSVEYI ECTEMAITEF LLFILTATLG GMFLCGANDL ITIFVAPECF S LCSYLLSG ...文字列:
MIWHVQNENF ILDSTRIFMK AFHLLLFDGS FIFPECILIF GLILLLMIDS TSDQKDIPWL YFISSTSFVM SITALLFRWR EEPMISFSG NFQTNNFNEI FQFLILLCST LCIPLSVEYI ECTEMAITEF LLFILTATLG GMFLCGANDL ITIFVAPECF S LCSYLLSG YTKKDIRSNE ATMKYLLMGG ASSSILVHGF SWLYGSSGGE IELQEIVNGL INTQMYNSPG ISIALIFITV GI GFKLSLA PSHQWTPDVY EDSPTPVVAF LSVTSKVAAS ASATRIFDIP FYFSSNEWHL LLEILAILSM IFGNLIAITQ TSM KRMLAY SSIGQIGYVI IGIIVGDSNG GYASMITYML FYIAMNLGTF ACIILFGLRT GTDNIRDYAG LYTKDPFLAL SLAL CLLSL GGLPPLAGFF GKLHLFWCGW QAGLYFLVSI GLLTSVLSIY YYLKIIKLLM TGRNQEITPH MRNYRISPLR SNNSI ELSM IVCVIASTIP GISMNPIIAI AQDTLFSF

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分子 #3: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.846332 KDa
配列文字列:
MFLLYEYDIF WAFLLISSAI PVLAFLISGV LSPIRKGPEK LSSYESGIEP IGDAWLQFRI RYYMFALVFV VFDVETVFLY PWAMSFDVL GVSAFIEAFI FVLILILGLV YAWRKGALEW S

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分子 #4: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 56.992473 KDa
配列文字列: MYLVFTTNDF PWLTIIVVFP ISAGSLMLFL PHRGNKVNKW YTICICILEL LLTTYAFCYN FKMDDPLIQL SEDYKWIDFF DFYWRMGID GLSIGTILLT GFITTLATLA AFPVTRDSRF FHFLMLAMYS GQIGSFSSRD LLLFFIMWEL ELIPVYLLLS M WGGKKRLY ...文字列:
MYLVFTTNDF PWLTIIVVFP ISAGSLMLFL PHRGNKVNKW YTICICILEL LLTTYAFCYN FKMDDPLIQL SEDYKWIDFF DFYWRMGID GLSIGTILLT GFITTLATLA AFPVTRDSRF FHFLMLAMYS GQIGSFSSRD LLLFFIMWEL ELIPVYLLLS M WGGKKRLY SATKFILYTA GSSIFLLIGV LGISLYGSNE PTLNLELLAN KSYPVTLEIL FYIGFLIAFA VKSPIIPLHT WL PDTHGEA HYSTCMLLAG ILLKMGAYGL VRINMELLPH AHSMFSPWLL VVGTIQIIYA ASTSPGQRNL KKRIAYSSVS HMG FIIIGI SSITDPGLNG AILQIISHGF IGAALFFLAG TSYDRIRLVY LDEMGGMAIS IPKIFTMFTI LSMASLALPG MSGF IAEFI VFFGIITSQK YFLISKIFII FVMAIGMILT PIYLLSMLRQ MFYGYKLINI KNFSFFDSGP RELFLSISIL LPIIG IGIY PDFVLSLASD KVESILSNYF YG

+
分子 #5: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.297439 KDa
配列文字列:
MILEHVLVLS AYLFLIGLYG LITSRNMVRA LMCLELILNA VNMNFVTFSD FFDNSQLKGE IFCIFVIAIA AAEAAIGLAI VSSIYRNRK SIRINQSTLL NK

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分子 #6: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 85.300836 KDa
配列文字列: MEHTYQYSWI IPFIPLPVPI LLGVGLLLFP TATKNLRRMW TFLSIFLLSI VMIFSIYLSI QQIFLSCIHQ NVWSWTINNE FSFEFGYFI DPLTSIMSIL ITTVGILVLI YSDNYMSHDQ GYLRFFAYMG FFNTSMLGLV TSSNLIQVYF FWELVGMCSY L LIGFWFTR ...文字列:
MEHTYQYSWI IPFIPLPVPI LLGVGLLLFP TATKNLRRMW TFLSIFLLSI VMIFSIYLSI QQIFLSCIHQ NVWSWTINNE FSFEFGYFI DPLTSIMSIL ITTVGILVLI YSDNYMSHDQ GYLRFFAYMG FFNTSMLGLV TSSNLIQVYF FWELVGMCSY L LIGFWFTR PIAANACQKA FVTNRVGDFG LLLGILGLYW ITGSFEFQDL FEIFNNLILN NRVNLLFLTL CAFLLFVGPI AK SAQFPLH VWLPDAMEGP TPISALIHAA TMVAAGIFLV ARLLPLFIVI PSIMYIISLI GIITVLLGAT LALAQKDIKR GLA YSTMSQ LGYMMLALGM GSYRSALFHL ITHAYSKALL FLGSGSIIHS MEAIVGYSPD KSQNMILMGG LTKHVPITKT AFLI GTLSL CGIPPLACFW SKDEILNDSL LFSPIFAIIA CSTAGLTAFY MFRIYLLTFE GHLNTYFLNY SGKKSGSFYS LSLWG KEEE KKLNKNFGLV PLLTMNNTKR ASFFCNKTYK ISNNVRNQIF ITVENFGLNT RTFYYPHESD NTILFPMLIL VLFTLF IGA IGIPFNQEGI DFDILSKFFT PSINLLHKNS QNFVDWYEFL RNATFSVSIA FFGIFIAYCL YKPFYSSLLN LTLLNSF QK WNSKRIHWEK LINFVYNWSY NRGYIDSFFK TSLIESIRRL AKQTTFFDKR IIDGITNGVG ITSFFVGEVT KYIGGSRI S SYLFLYLSYV LIFLMILFFF YFEKF

+
分子 #7: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 19.218639 KDa
配列文字列:
MDLPGPIHDF LLVFLGSGLL VGGLGVVLLP NPIFSAFSLG FVLVCISLLY ILSNSHFVAA AQLLIYVGAI NVLIIFAVMF MNDSEYSTD FNLWTIGNGI TSLVCTTILF LLMSTILDTS WYGVIWTTKL NQILEQDLIS NSQQIGIHLS TDFFLPFELI S IILLVALI GAISVARQ

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分子 #8: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 51.080168 KDa
配列文字列: MASSLPLLPK PISPFFKTPP FSTSKPLVFL NFQTRLTSRS SDVSVNLKKK NNPWLDPFDS GEDPDNEYGS LFADGKQDED PRPPDNPDN PYGFLKFPKG YTVELASLPL KIRGDVRRCC CVISGGVYEN LLFFPTIQLI KDRYPGVQVD ILTTERGKQT Y ELNKNVRW ...文字列:
MASSLPLLPK PISPFFKTPP FSTSKPLVFL NFQTRLTSRS SDVSVNLKKK NNPWLDPFDS GEDPDNEYGS LFADGKQDED PRPPDNPDN PYGFLKFPKG YTVELASLPL KIRGDVRRCC CVISGGVYEN LLFFPTIQLI KDRYPGVQVD ILTTERGKQT Y ELNKNVRW ANVYDPDDHW PEPAEYTDMI GLLKGRYYDM VLSTKLAGLG HAAFLFMTTA RDRVSYIYPN VNSAGAGLML SE TFTAENT NLSELGYSMY TQMEDWLGRP FRSVPRTPLL PLRVSISRKV KEVVAAKYRN AGAVTGKFIV IHGIESDSKA SMQ SKGDAD SLLSLEKWAK IIKGVRGFKP VFVIPHEKER ENVEDFVGDD TSIVFITTPG QLAALINDSA GVIATNTAAI QLAN ARDKP CIGLFSSEEK GKLFVPYAEE KSNCVIIASK TGKLADIDIG TVKNAMQVFE GSLALV

+
分子 #9: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 38.048492 KDa
配列文字列: MASLISFSLL PKPKAVRSSI SAPQTQTINT EKLEDKFGRK GIKFSESNNI PMVELKVRNG SSLKLSLSDA HVLSYKPKVY WKDEGFEEV LYTVDGDESR GGVGVVIVNG EEPKGGSSVI SGCDWSVKDT DSDAIDALQI ELSCTAGVLD ITYIVSLYPV S MATALVVK ...文字列:
MASLISFSLL PKPKAVRSSI SAPQTQTINT EKLEDKFGRK GIKFSESNNI PMVELKVRNG SSLKLSLSDA HVLSYKPKVY WKDEGFEEV LYTVDGDESR GGVGVVIVNG EEPKGGSSVI SGCDWSVKDT DSDAIDALQI ELSCTAGVLD ITYIVSLYPV S MATALVVK NNGRKPVTLK PGIMSYLRFK KRSGAGIQGL KGCSYCPNPP LSSPFELLSP SEAMKAESSG WFGSEEGEKP GI WAVEDSV ITLLEKKMSR IYGAPPAERL KAVYNTPPSK FETIDQGRGL FFRMIRIGFE EMYVGSPGSM WDKYGKQHYF VCT GPTSML VPVDVASGET WRGAMVIEHD NL

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分子 #10: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.448355 KDa
配列文字列: MGSVQLSGSG LVASLPPNHS FSHKTKLNKP NSYFFRSKHN AARTKTVRAI STAPASQPPA ADEPDEPPAV DFAFVHSVLL PDGTPDVHW RRANGGQKLR DIMLDSNIEL YGPYSKPLSN CAGVGTCATC MVEIVNGKEL LNPRTDIEKE KLKRKPKNWR L ACQTNVGN ...文字列:
MGSVQLSGSG LVASLPPNHS FSHKTKLNKP NSYFFRSKHN AARTKTVRAI STAPASQPPA ADEPDEPPAV DFAFVHSVLL PDGTPDVHW RRANGGQKLR DIMLDSNIEL YGPYSKPLSN CAGVGTCATC MVEIVNGKEL LNPRTDIEKE KLKRKPKNWR L ACQTNVGN PDSTGLVVIQ QLPEWKAHEW NIPKNIPNDD DLETST

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分子 #11: NDH dependent flow 6

分子名称: NDH dependent flow 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 18.699324 KDa
配列文字列:
MAEAFTSFTF TNLHIPSSYN HSPKQNSGPN HGYWLSNVNE KRERNLMRGS LCVRKALPHD LPLMAVMVQQ IEGMRDIITE KHVWHLSDK AIKNVYMFYI MFTCWGCLYF GSAKDPFYDS EEYRGDGGDG TGYWVYETVC ISPFLILLGK KEKNLEMHTN Y N

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分子 #12: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.767838 KDa
配列文字列: MATVTILSPK SIPKVTDSKF GARVSDQIVN VVKCGKSGRR LKLAKLVSAA GLSQIEPDIN EDPIGQFETN SIEMEDFKYG YYDGAHTYY EGEVQKGTFW GAIADDIAAV DQTNGFQGLI SCMFLPAIAL GMYFDAPGEY LFIGAALFTV VFCIIEMDKP D QPHNFEPQ ...文字列:
MATVTILSPK SIPKVTDSKF GARVSDQIVN VVKCGKSGRR LKLAKLVSAA GLSQIEPDIN EDPIGQFETN SIEMEDFKYG YYDGAHTYY EGEVQKGTFW GAIADDIAAV DQTNGFQGLI SCMFLPAIAL GMYFDAPGEY LFIGAALFTV VFCIIEMDKP D QPHNFEPQ IYKLERGARD KLINDYNTMS IWDFNDKYGD VWDFTIEKDD IATR

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分子 #13: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 26.997619 KDa
配列文字列: MAVSSLSIRC GGFSPTISHK TEILCPNPSL KACCLLSSGG KADSSESTYQ KGSGNNWKRR QALVGVGTLV ATSIPATLLL AEEIPKSYS PFVDREDGYS YYYPSDWREF DFRAHDSAFK DRYLQLQNVR VRFIPTEKND IHEVGPMEEV VYDLVKHKFA A PNQVATIY ...文字列:
MAVSSLSIRC GGFSPTISHK TEILCPNPSL KACCLLSSGG KADSSESTYQ KGSGNNWKRR QALVGVGTLV ATSIPATLLL AEEIPKSYS PFVDREDGYS YYYPSDWREF DFRAHDSAFK DRYLQLQNVR VRFIPTEKND IHEVGPMEEV VYDLVKHKFA A PNQVATIY DMKERVEDGK NYYTFEYGLR TPIYATTSFA TVAVGNNRYY TLIVGANERR WRKVKKQLQV VADSLKILQI

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分子 #14: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.183342 KDa
配列文字列: MSSFTTTNTP PPYLLRKIYH RRVNQPFSVV CCTGEPQQDI FTRRRTLTSL ITFTVIGGAT SSALAQEKWG TRSFIKEKYF MPGLSPEDA AARIKQTAEG LRDMREMLDH MSWRYVIFYI RLKQAYLSQD LTNAMNILPE SRRNDYVQAA NELVENMSEL D FYVRTPKV ...文字列:
MSSFTTTNTP PPYLLRKIYH RRVNQPFSVV CCTGEPQQDI FTRRRTLTSL ITFTVIGGAT SSALAQEKWG TRSFIKEKYF MPGLSPEDA AARIKQTAEG LRDMREMLDH MSWRYVIFYI RLKQAYLSQD LTNAMNILPE SRRNDYVQAA NELVENMSEL D FYVRTPKV YESYLYYEKT LKSIDNVVEF LA

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分子 #15: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 24.811402 KDa
配列文字列: MAHFIDLNSL TNTLPSLPKL PESRKTGKSS GFACRRTEEF QEPDSVQITR RMTLGFAVSI GLTGILGENN VSLAQDNGFW IDGPLPIPP IYNNIVNEKT GTRTFIKKGV YVADIGTKGR MYRVKKNAFD LLAMEDLIGP DTLNYVKKYL RLKSTFLFYD F DNLISAAA ...文字列:
MAHFIDLNSL TNTLPSLPKL PESRKTGKSS GFACRRTEEF QEPDSVQITR RMTLGFAVSI GLTGILGENN VSLAQDNGFW IDGPLPIPP IYNNIVNEKT GTRTFIKKGV YVADIGTKGR MYRVKKNAFD LLAMEDLIGP DTLNYVKKYL RLKSTFLFYD F DNLISAAA SEDKQPLTDL ANRLFDNFEK LEDAAKTKNL AETESCYKDT KFLLQEVMTR MA

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分子 #16: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: プロリルイソメラーゼ
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.282547 KDa
配列文字列: MAISTLTLTQ SLYTRSFRPT IFFSSSSSSS FSCLCSSSSD CEPKLSVKKR VFGVGLGFLA SSILSLTPLD ADATRIDYYA TVGDPLCEY SYAKSGLGFC DLDVGFGDEA PRGVLVNIHY TARFADGTLF DSSYKRARPL TMRIGVGKVI RGLDQGILGG E GVPPMRVG ...文字列:
MAISTLTLTQ SLYTRSFRPT IFFSSSSSSS FSCLCSSSSD CEPKLSVKKR VFGVGLGFLA SSILSLTPLD ADATRIDYYA TVGDPLCEY SYAKSGLGFC DLDVGFGDEA PRGVLVNIHY TARFADGTLF DSSYKRARPL TMRIGVGKVI RGLDQGILGG E GVPPMRVG GKRKLQIPPK LAYGPEPAGC FSGDCNIPGN ATLLYDINFV EIYPGSNTR

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分子 #17: Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, ch...

分子名称: Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: プロリルイソメラーゼ
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.915635 KDa
配列文字列: MATLSMTLSL SAPPRRLSPI NTSAFTSTSF RLRTKSSFDS ISFSSSTPFS ASSLLLHTSY TKRNHRCFSV QSNAEVVTEP QSKITHKVY FDISVGNPVG KLAGRIVIGL YGDDVPQTVE NFRALCTGEK GFGYKGSTFH RVIRDFMIQG GDFEKGNGTG G KSVYGRTF ...文字列:
MATLSMTLSL SAPPRRLSPI NTSAFTSTSF RLRTKSSFDS ISFSSSTPFS ASSLLLHTSY TKRNHRCFSV QSNAEVVTEP QSKITHKVY FDISVGNPVG KLAGRIVIGL YGDDVPQTVE NFRALCTGEK GFGYKGSTFH RVIRDFMIQG GDFEKGNGTG G KSVYGRTF KDENFKLSHV GPGVLSMANA GPNTNGSQFF ICTIKTSWLD GRHVVFGQVI EGMEVVKLIE EQETDRGDRP RK KVVIADC GQLPMSEA

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分子 #18: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

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分子 #19: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

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分子 #20: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6khj

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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