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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g47 | |||||||||
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タイトル | KRAS G12C complex with GDP and AMG 510 imaged on a cryo-EM imaging scaffold | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物)![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Castells-Graells, R. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure determination of small therapeutic protein targets at 3 Å-resolution using a rigid imaging scaffold. 著者: Roger Castells-Graells / Kyle Meador / Mark A Arbing / Michael R Sawaya / Morgan Gee / Duilio Cascio / Emma Gleave / Judit É Debreczeni / Jason Breed / Karoline Leopold / Ankoor Patel / ...著者: Roger Castells-Graells / Kyle Meador / Mark A Arbing / Michael R Sawaya / Morgan Gee / Duilio Cascio / Emma Gleave / Judit É Debreczeni / Jason Breed / Karoline Leopold / Ankoor Patel / Dushyant Jahagirdar / Bronwyn Lyons / Sriram Subramaniam / Chris Phillips / Todd O Yeates / ![]() ![]() ![]() 要旨: Cryoelectron microscopy (Cryo-EM) has enabled structural determination of proteins larger than about 50 kDa, including many intractable by any other method, but it has largely failed for smaller ...Cryoelectron microscopy (Cryo-EM) has enabled structural determination of proteins larger than about 50 kDa, including many intractable by any other method, but it has largely failed for smaller proteins. Here, we obtain structures of small proteins by binding them to a rigid molecular scaffold based on a designed protein cage, revealing atomic details at resolutions reaching 2.9 Å. We apply this system to the key cancer signaling protein KRAS (19 kDa in size), obtaining four structures of oncogenic mutational variants by cryo-EM. Importantly, a structure for the key G12C mutant bound to an inhibitor drug (AMG510) reveals significant conformational differences compared to prior data in the crystalline state. The findings highlight the promise of cryo-EM scaffolds for advancing the design of drug molecules against small therapeutic protein targets in cancer and other human diseases. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29715MC ![]() 8g3kC ![]() 8g42C ![]() 8g4eC ![]() 8g4fC ![]() 8g4hC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35452.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 21622.275 Da / 分子数: 1 / Mutation: G12C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GDP / ![]() |
#5: 化合物 | ChemComp-MOV / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: KRAS G12C complex with GDP and AMG 510 imaged on a cryo-EM imaging scaffold タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171436 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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