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- PDB-7nwg: Mammalian pre-termination 80S ribosome with Hybrid P/E- and A/P-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nwg
タイトルMammalian pre-termination 80S ribosome with Hybrid P/E- and A/P-site tRNA's bound by Blasticidin S.
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 20
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 13
  • (Ribosomal protein ...) x 13
  • 18S Ribosomal RNA
  • 28S Ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S Ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S Ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • A/P-Site tRNA
  • L13
  • L18
  • L22
  • L38
  • L7a
  • L8
  • L9
  • P/E-Site tRNA
  • Ribosomal protein
  • S19
  • S4
  • Sec61Beta
  • eL14
  • eL21
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32CD59
  • eL33
  • eL39
  • eL42
  • eS31
  • mRNA伝令RNA
  • uL12
  • uL15
  • uL22
  • uL23
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uS11
  • uS14
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Inhibitor 80S Termination Complex Blasticidin S Translation NMD
機能・相同性
機能・相同性情報


L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition ...L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 小胞体 / maturation of LSU-rRNA / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cytosolic ribosome / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 核小体 / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S21e ...: / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal S17 / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L37e signature. / Ubiquitin domain signature. / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ブラストサイジンS / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL20 ...ブラストサイジンS / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL20 / 40S ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S6 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein eL19 / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S26 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Powers, K.T. / Yadav, S.K.N. / Bufton, J.C. / Schaffitzel, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210701/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Blasticidin S inhibits mammalian translation and enhances production of protein encoded by nonsense mRNA.
著者: Kyle T Powers / Flint Stevenson-Jones / Sathish K N Yadav / Beate Amthor / Joshua C Bufton / Ufuk Borucu / Dakang Shen / Jonas P Becker / Daria Lavysh / Matthias W Hentze / Andreas E Kulozik ...著者: Kyle T Powers / Flint Stevenson-Jones / Sathish K N Yadav / Beate Amthor / Joshua C Bufton / Ufuk Borucu / Dakang Shen / Jonas P Becker / Daria Lavysh / Matthias W Hentze / Andreas E Kulozik / Gabriele Neu-Yilik / Christiane Schaffitzel /
要旨: Deciphering translation is of paramount importance for the understanding of many diseases, and antibiotics played a pivotal role in this endeavour. Blasticidin S (BlaS) targets translation by binding ...Deciphering translation is of paramount importance for the understanding of many diseases, and antibiotics played a pivotal role in this endeavour. Blasticidin S (BlaS) targets translation by binding to the peptidyl transferase center of the large ribosomal subunit. Using biochemical, structural and cellular approaches, we show here that BlaS inhibits both translation elongation and termination in Mammalia. Bound to mammalian terminating ribosomes, BlaS distorts the 3'CCA tail of the P-site tRNA to a larger extent than previously reported for bacterial ribosomes, thus delaying both, peptide bond formation and peptidyl-tRNA hydrolysis. While BlaS does not inhibit stop codon recognition by the eukaryotic release factor 1 (eRF1), it interferes with eRF1's accommodation into the peptidyl transferase center and subsequent peptide release. In human cells, BlaS inhibits nonsense-mediated mRNA decay and, at subinhibitory concentrations, modulates translation dynamics at premature termination codons leading to enhanced protein production.
履歴
登録2021年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12631
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
51: 28S Ribosomal RNA
71: 5S Ribosomal RNA
81: 5.8S Ribosomal RNA
A2: 18S Ribosomal RNA
B2: 40S ribosomal protein SA
C2: 40S ribosomal protein S3a
D2: 40S ribosomal protein S2
E2: 40S ribosomal protein S3
F2: S4
G2: Ribosomal protein S5
H2: 40S ribosomal protein S6
I2: ribosomal protein eS7
J2: 40S ribosomal protein S8
K2: 40S ribosomal protein S9
L2: 40S ribosomal protein S10
M2: 40S ribosomal protein S11
N2: 40S ribosomal protein S12
O2: ribosomal protein uS15
P2: uS11
Q2: 40S ribosomal protein uS19
R2: Ribosomal protein S16
S2: 40S ribosomal protein S17
T2: 40S ribosomal protein uS13
U2: S19
V2: 40S ribosomal protein S20
W2: 40S ribosomal protein S21
X2: Ribosomal protein S15a
Y2: Ribosomal protein S23
Z2: 40S ribosomal protein S24
a2: ribosomal protein eS25
b2: 40S ribosomal protein S26
c2: 40S ribosomal protein S27
d2: 40S ribosomal protein S28
e2: uS14
f2: 40S ribosomal protein S30
g2: eS31
h2: ribosomal protein RACK1
A3: L8
B3: uL3
C3: uL4
D3: 60S ribosomal protein L5
E3: 60S ribosomal protein L6
F3: uL30
G3: L7a
H3: L9
I3: 60S ribosomal protein L10
J3: 60S ribosomal protein L11
L3: L13
M3: Ribosomal protein L14
N3: Ribosomal protein L15
O3: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL13
P3: uL22
Q3: L18
R3: 60S ribosomal protein L19
S3: 60S ribosomal protein L18a
T3: eL21
U3: L22
V3: eL14
X3: uL23
Y3: Ribosomal protein L26
Z3: 60S ribosomal protein L27
a3: uL15
b3: eL29
c3: eL30
d3: eL31
e3: eL32
f3: eL33
g3: 60S ribosomal protein L34
h3: uL29
i3: 60S ribosomal protein L36
j3: Ribosomal protein L37
k3: L38
l3: eL39
m3: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL40
n3: 60s ribosomal protein l41
o3: eL42
p3: ribosomal protein eL43
r3: eL28
q3: A/P-Site tRNA
t3: 60S acidic ribosomal protein P0
u3: uL12
v3: mRNA
33: P/E-Site tRNA
w3: Ribosomal protein
1: Sec61Beta
W: 60S ribosomal protein L24-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,512,378394
ポリマ－3,504,16586
非ポリマー8,213308
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 517181A2q3v333

#1: RNA鎖 28S Ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1226619.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: RNA鎖 5S Ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_4
#3: RNA鎖 5.8S Ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 48545.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: RNA鎖 18S Ribosomal RNA /


分子量: 586374.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#79: RNA鎖 A/P-Site tRNA


分子量: 23825.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#82: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 5719.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#83: RNA鎖 P/E-Site tRNA


分子量: 24118.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
40S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 B2C2D2E2H2J2K2L2M2N2Q2S2T2V2W2Z2b2c2d2f2

#5: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32958.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 29942.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S2 /


分子量: 27995.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S3 /


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 30070.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5K1UJS7
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S9 /


分子量: 22655.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1S3APZ1
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S10 /


分子量: 17422.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2F0BDG8
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S11 /


分子量: 18513.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 13709.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#20: タンパク質 40S ribosomal protein uS19 /


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S17 /


分子量: 16782.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: S7Q348
#23: タンパク質 40S ribosomal protein uS13 /


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S20 /


分子量: 14603.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q32PB8
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 17007.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 13147.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: T0M5X4
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S28 /


分子量: 7836.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2

+
タンパク質 , 31種, 31分子 F2P2U2e2g2A3B3C3F3G3H3L3P3Q3T3U3V3X3a3b3c3d3e3f3h3k3o3r3t3u3w3

#9: タンパク質 S4


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#19: タンパク質 uS11


分子量: 18133.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T1F0
#24: タンパク質 S19


分子量: 16106.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#34: タンパク質 uS14


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#36: タンパク質 eS31


分子量: 7986.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#38: タンパク質 L8


分子量: 26840.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#39: タンパク質 uL3


分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#40: タンパク質 uL4


分子量: 47727.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#43: タンパク質 uL30


分子量: 29514.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#44: タンパク質 L7a


分子量: 27480.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#45: タンパク質 L9


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#48: タンパク質 L13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#52: タンパク質 uL22


分子量: 23056.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#53: タンパク質 L18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#56: タンパク質 eL21 /


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#57: タンパク質 L22


分子量: 14798.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#58: タンパク質 eL14


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#59: タンパク質 uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#62: タンパク質 uL15


分子量: 17831.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#63: タンパク質 eL29


分子量: 26708.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#64: タンパク質 eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#65: タンパク質 eL31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#66: タンパク質 eL32 / CD59


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUN8
#67: タンパク質 eL33


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#69: タンパク質 uL29


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#72: タンパク質 L38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#76: タンパク質 eL42


分子量: 16170.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#78: タンパク質 eL28


分子量: 15783.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#80: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 /


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4
#81: タンパク質 uL12


分子量: 21295.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#84: タンパク質 Ribosomal protein /


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8

-
Ribosomal protein ... , 13種, 13分子 G2I2O2R2X2Y2a2h2M3N3Y3j3p3

#10: タンパク質 Ribosomal protein S5 /


分子量: 23044.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#12: タンパク質 ribosomal protein eS7 /


分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#18: タンパク質 ribosomal protein uS15 /


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#21: タンパク質 Ribosomal protein S16 /


分子量: 17585.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#27: タンパク質 Ribosomal protein S15a / リボソーム


分子量: 15778.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#28: タンパク質 Ribosomal protein S23 /


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#30: タンパク質 ribosomal protein eS25 /


分子量: 22090.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#37: タンパク質 ribosomal protein RACK1 /


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#49: タンパク質 Ribosomal protein L14 /


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#50: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#60: タンパク質 Ribosomal protein L26 /


分子量: 15705.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#71: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#77: タンパク質 ribosomal protein eL43 /


分子量: 12010.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 13種, 13分子 D3E3I3J3O3R3S3Z3g3i3m3n3W

#41: タンパク質 60S ribosomal protein L5 /


分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L6 /


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L11 /


分子量: 20670.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#51: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL13 /


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L19 /


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q3T0W9
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L18a /


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A287APR1
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L34 /


分子量: 14210.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 13546.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#74: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL40 /


分子量: 14695.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#75: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41 / / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#86: タンパク質 60S ribosomal protein L24-like protein / リボソーム


分子量: 15538.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A061I3X8

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 l31

#73: タンパク質・ペプチド eL39


分子量: 6324.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#85: タンパク質・ペプチド Sec61Beta


分子量: 1788.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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非ポリマー , 3種, 308分子

#87: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#88: 化合物 ChemComp-BLS / BLASTICIDIN S / ブラストサイジンS / ブラストサイジンS


分子量: 422.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#89: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mammalian pre-termination 80S ribosome with Hybrid-P/E and -A/P site tRNAs bound by Blasticidin S.
タイプ: RIBOSOME
詳細: Rabbit reticulocyte lysate derived (in vitro transcription-FLAG affinity purified) ribosomal complex.
Entity ID: #1-#78, #80-#86 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 50 mM HEPES pH 7.4 100 mM KOAc 5 mM Mg(Oac)2 1mM DTT
試料濃度: 0.63 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 165nM (OD260nm~10.5)
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K
詳細: 30s sample incubation on grid followed by 1.1s blotting time.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
詳細: Collected in super-resolution mode (0.675A pixel size)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 79000 X / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 41.9 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3500
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 730463
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29879 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6HCJ

6hcj

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 95.57 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0125236205
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.3919346819
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.071843207
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012522319
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.85482888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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