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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40080 | |||||||||
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タイトル | E. coli clamp loader with open clamp | |||||||||
マップデータ | CLC.Beta2 Open | |||||||||
試料 |
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キーワード | clamp loader / DNA clamp (DNAクランプ) / AAA+ / ATPase (ATPアーゼ) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA polymerase III, clamp loader complex / Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity ...DNA polymerase III, clamp loader complex / Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA修復 / DNA damage response / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Oakley AJ / Xu Z-Q / Dixon NE | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural characterisation of the complete cycle of sliding clamp loading in E. coli 著者: Xu Z-Q / Oakley AJ / Dixon NE | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40080.map.gz | 140.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40080-v30.xml emd-40080.xml | 26.5 KB 26.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40080.png | 59.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40080.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_40080_half_map_1.map.gz emd_40080_half_map_2.map.gz | 141.2 MB 140.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40080 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | CLC.Beta2 Open | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: CLC.Beta2 Open half map 1
ファイル | emd_40080_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CLC.Beta2 Open half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CLC.Beta2 Open half map 2
ファイル | emd_40080_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CLC.Beta2 Open half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : E. coli clamp loader with open clamp
全体 | 名称: E. coli clamp loader with open clamp |
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要素 |
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-超分子 #1: E. coli clamp loader with open clamp
超分子 | 名称: E. coli clamp loader with open clamp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 詳細: Clamp loader complex composed of DNA polymerase III delta gamma(3) delta' chi and psi subunits. Clamp composed of DNA polymerase III beta(2) subunits. |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 331 KDa |
-分子 #1: DNA polymerase III subunit delta
分子 | 名称: DNA polymerase III subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 38.745574 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIRLYPEQLR AQLNEGLRAA YLLLGNDPLL LQESQDAVRQ VAAAQGFEEH HTFSIDPNTD WNAIFSLCQA MSLFASRQTL LLLLPENGP NAAINEQLLT LTGLLHDDLL LIVRGNKLSK AQENAAWFTA LANRSVQVTC QTPEQAQLPR WVAARAKQLN L ELDDAANQ ...文字列: MIRLYPEQLR AQLNEGLRAA YLLLGNDPLL LQESQDAVRQ VAAAQGFEEH HTFSIDPNTD WNAIFSLCQA MSLFASRQTL LLLLPENGP NAAINEQLLT LTGLLHDDLL LIVRGNKLSK AQENAAWFTA LANRSVQVTC QTPEQAQLPR WVAARAKQLN L ELDDAANQ VLCYCYEGNL LALAQALERL SLLWPDGKLT LPRVEQAVND AAHFTPFHWV DALLMGKSKR ALHILQQLRL EG SEPVILL RTLQRELLLL VNLKRQSAHT PLRALFDKHR VWQNRRGMMG EALNRLSQTQ LRQAVQLLTR TELTLKQDYG QSV WAELEG LSLLLCHKPL ADVFIDG UniProtKB: DNA polymerase III subunit delta |
-分子 #2: DNA polymerase III subunit tau
分子 | 名称: DNA polymerase III subunit tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 47.601766 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSYQVLARKW RPQTFADVVG QEHVLTALAN GLSLGRIHHA YLFSGTRGVG KTSIARLLAK GLNCETGITA TPCGVCDNCR EIEQGRFVD LIEIDAASRT KVEDTRDLLD NVQYAPARGR FKVYLIDEVH MLSRHSFNAL LKTLEEPPEH VKFLLATTDP Q KLPVTILS ...文字列: MSYQVLARKW RPQTFADVVG QEHVLTALAN GLSLGRIHHA YLFSGTRGVG KTSIARLLAK GLNCETGITA TPCGVCDNCR EIEQGRFVD LIEIDAASRT KVEDTRDLLD NVQYAPARGR FKVYLIDEVH MLSRHSFNAL LKTLEEPPEH VKFLLATTDP Q KLPVTILS RCLQFHLKAL DVEQIRHQLE HILNEEHIAH EPRALQLLAR AAEGSLRDAL SLTDQAIASG DGQVSTQAVS AM LGTLDDD QALSLVEAMV EANGERVMAL INEAAARGIE WEALLVEMLG LLHRIAMVQL SPAALGNDMA AIELRMRELA RTI PPTDIQ LYYQTLLIGR KELPYAPDRR MGVEMTLLRA LAFHPRMPLP EPEVPRQSFA PVAPTAVMTP TQVPPQPQSA PQQA PTVPL PETTSQVLAA RQQLQRVQGA TKAKKE UniProtKB: DNA polymerase III subunit tau |
-分子 #3: DNA polymerase III subunit delta'
分子 | 名称: DNA polymerase III subunit delta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 36.980484 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRWYPWLRPD FEKLVASYQA GRGHHALLIQ ALPGMGDDAL IYALSRYLLC QQPQGHKSCG HCRGCQLMQA GTHPDYYTLA PEKGKNTLG VDAVREVTEK LNEHARLGGA KVVWVTDAAL LTDAAANALL KTLEEPPAET WFFLATREPE RLLATLRSRC R LHYLAPPP ...文字列: MRWYPWLRPD FEKLVASYQA GRGHHALLIQ ALPGMGDDAL IYALSRYLLC QQPQGHKSCG HCRGCQLMQA GTHPDYYTLA PEKGKNTLG VDAVREVTEK LNEHARLGGA KVVWVTDAAL LTDAAANALL KTLEEPPAET WFFLATREPE RLLATLRSRC R LHYLAPPP EQYAVTWLSR EVTMSQDALL AALRLSAGSP GAALALFQGD NWQARETLCQ ALAYSVPSGD WYSLLAALNH EQ APARLHW LATLLMDALK RHHGAAQVTN VDVPGLVAEL ANHLSPSRLQ AILGDVCHIR EQLMSVTGIN RELLITDLLL RIE HYLQPG VVLPVPHL UniProtKB: DNA polymerase III subunit delta' |
-分子 #4: DNA polymerase III subunit psi
分子 | 名称: DNA polymerase III subunit psi / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 15.188276 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTSRRDWQLQ QLGITQWSLR RPGALQGEIA IAIPAHVRLV MVANDLPALT DPLVSDVLRA LTVSPDQVLQ LTPEKIAMLP QGSHCNSWR LGTDEPLSLE GAQVASPALT DLRANPTARA ALWQQICTYE HDFFPRND UniProtKB: DNA polymerase III subunit psi |
-分子 #5: Beta sliding clamp
分子 | 名称: Beta sliding clamp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 40.630508 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKFTVEREHL LKPLQQVSGP LGGRPTLPIL GNLLLQVADG TLSLTGTDLE MEMVARVALV QPHEPGATTV PARKFFDICR GLPEGAEIA VQLEGERMLV RSGRSRFSLS TLPAADFPNL DDWQSEVEFT LPQATMKRLI EATQFSMAHQ DVRYYLNGML F ETEGEELR ...文字列: MKFTVEREHL LKPLQQVSGP LGGRPTLPIL GNLLLQVADG TLSLTGTDLE MEMVARVALV QPHEPGATTV PARKFFDICR GLPEGAEIA VQLEGERMLV RSGRSRFSLS TLPAADFPNL DDWQSEVEFT LPQATMKRLI EATQFSMAHQ DVRYYLNGML F ETEGEELR TVATDGHRLA VCSMPIGQSL PSHSVIVPRK GVIELMRMLD GGDNPLRVQI GSNNIRAHVG DFIFTSKLVD GR FPDYRRV LPKNPDKHLE AGCDLLKQAF ARAAILSNEK FRGVRLYVSE NQLKITANNP EQEEAEEILD VTYSGAEMEI GFN VSYVLD VLNALKCENV RMMLTDSVSS VQIEDAASQS AAYVVMPMRL UniProtKB: Beta sliding clamp |
-分子 #6: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #8: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS. | |||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa 詳細: Used a Zepto Low-pressure plasma systems (PLASMA CLEANER) (Diener Electronic) at 10% power for 120 seconds. | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||||||||
詳細 | 30 microL of 6 microM delta/tau3/delta' mixed with chi/psi complex at a molar ratio of 1:1.2, beta2 at 1:1.3, and dialysed twice at 4 degrees C against 250 mL of 30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. 1 mM ATPgammaS was added to the dialysate. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / 詳細: unfiltered mode |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7269 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1376000 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model from RELION |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 120000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) 詳細: Most particles were classified to two classes that were used for final 3D reconstruction. |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 280000 |