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Structure paper

タイトルReceptor-recognition and antiviral mechanisms of retrovirus-derived human proteins.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2024
掲載日2024年4月26日
著者Shashank Khare / Miryam I Villalba / Juan C Canul-Tec / Arantza Balsebre Cajiao / Anand Kumar / Marija Backovic / Felix A Rey / Els Pardon / Jan Steyaert / Camilo Perez / Nicolas Reyes /
PubMed 要旨Human syncytin-1 and suppressyn are cellular proteins of retroviral origin involved in cell-cell fusion events to establish the maternal-fetal interface in the placenta. In cell culture, they ...Human syncytin-1 and suppressyn are cellular proteins of retroviral origin involved in cell-cell fusion events to establish the maternal-fetal interface in the placenta. In cell culture, they restrict infections from members of the largest interference group of vertebrate retroviruses, and are regarded as host immunity factors expressed during development. At the core of the syncytin-1 and suppressyn functions are poorly understood mechanisms to recognize a common cellular receptor, the membrane transporter ASCT2. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human ASCT2 in complexes with the receptor-binding domains of syncytin-1 and suppressyn. Despite their evolutionary divergence, the two placental proteins occupy similar positions in ASCT2, and are stabilized by the formation of a hybrid β-sheet or 'clamp' with the receptor. Structural predictions of the receptor-binding domains of extant retroviruses indicate overlapping binding interfaces and clamping sites with ASCT2, revealing a competition mechanism between the placental proteins and the retroviruses. Our work uncovers a common ASCT2 recognition mechanism by a large group of endogenous and disease-causing retroviruses, and provides high-resolution views on how placental human proteins exert morphological and immunological functions.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38671230
手法EM (単粒子)
解像度2.31 - 3.5 Å
構造データ

17189

8oud

EMDB-17189, PDB-8oud:
Structure of the human neutral amino acid transporter ASCT2 in complex with nanobody 469
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.31 Å

17192

8ouh

EMDB-17192, PDB-8ouh:
Complex of human ASCT2 with Syncytin-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

17193

8oui

EMDB-17193, PDB-8oui:
Complex of ASCT2 with Suppressyn
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

17194

8ouj

EMDB-17194, PDB-8ouj:
Heterotrimeric Complex of Human ASCT2 with Syncytin-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-ALA:
ALANINE / アラニン / アラニン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Neutral aminoacid transmembrane transporter activity / ASCT2 / Complex / Nanobody (ナノボディ) / PROTEIN TRANSPORT / Small neutral amino acid transporter / Syncytin-1 / Receptor binding domain (受容体) / Small neural amino acid transporter / Suppressyn

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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