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Structure paper

タイトルStructural basis for membrane attack complex inhibition by CD59.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 890, Year 2023
掲載日2023年2月16日
著者Emma C Couves / Scott Gardner / Tomas B Voisin / Jasmine K Bickel / Phillip J Stansfeld / Edward W Tate / Doryen Bubeck /
PubMed 要旨CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to ...CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to prevent insertion and polymerization of membrane attack complex (MAC) pores. We present cryo-electron microscopy structures of two inhibited MAC precursors known as C5b8 and C5b9. We discover that in both complexes, CD59 binds the pore-forming β-hairpins of C8 to form an intermolecular β-sheet that prevents membrane perforation. While bound to C8, CD59 deflects the cascading C9 β-hairpins, rerouting their trajectory into the membrane. Preventing insertion of C9 restricts structural transitions of subsequent monomers and indirectly halts MAC polymerization. We combine our structural data with cellular assays and molecular dynamics simulations to explain how the membrane environment impacts the dual roles of CD59 in controlling pore formation of MAC, and as a target of bacterial virulence factors which hijack CD59 to lyse human cells.
リンクNat Commun / PubMed:36797260 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.4 Å
構造データ

15779

8b0f

EMDB-15779, PDB-8b0f:
CryoEM structure of C5b8-CD59
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

15780

8b0g

EMDB-15780, PDB-8b0g:
2C9, C5b9-CD59 structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

15781

8b0h

EMDB-15781, PDB-8b0h:
2C9, C5b9-CD59 cryoEM structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-15782: 2C9, C5b9-CD59 cryoEM structure; focus refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-15783: 3C9, C5b9-CD59 cryoEM structure; focus refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-15800: CryoEM reconstruction of C5b8-CD59, density subtracted
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • human (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / pore-forming / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / CD59 / MAC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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