+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qak | ||||||
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Title | Structure of human ALDH9 in P21212 space group | ||||||
Components | 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information formaldehyde dehydrogenase / 1-pyrroline dehydrogenase activity / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / cellular aldehyde metabolic process ...formaldehyde dehydrogenase / 1-pyrroline dehydrogenase activity / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / small molecule binding / protein homotetramerization / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Morera, S. / Vigouroux, A. / Kopecny, D. | ||||||
Citation | Journal: Biosci.Rep. / Year: 2019 Title: Kinetic and structural analysis of human ALDH9A1. Authors: Koncitikova, R. / Vigouroux, A. / Kopecna, M. / Sebela, M. / Morera, S. / Kopecny, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qak.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qak.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qak.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/6qak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/6qak | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6qaoC 6qapC 1a4sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55475.355 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ALDH9A1, ALDH4, ALDH7, ALDH9 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P49189, 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), aminobutyraldehyde dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 12% PEG 4K, sodium citrate pH 5.6, 2.5% isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 6, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→48.2 Å / Num. obs: 142787 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 71.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.65 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1A4S Resolution: 2.5→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.493 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.457 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.247
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Displacement parameters | Biso mean: 80.64 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.5→35.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.52 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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