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Yorodumi- PDB-6ovw: Crystal structure of ornithine carbamoyltransferase from Salmonel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ovw | ||||||
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Title | Crystal structure of ornithine carbamoyltransferase from Salmonella enterica | ||||||
Components | Ornithine carbamoyltransferaseOrnithine transcarbamylase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / amino acid binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.903 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Mesa, N. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of ornithine carbamoyltransferase from Salmonella enterica Authors: Chang, C. / Mesa, N. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ovw.cif.gz | 147.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ovw.ent.gz | 114.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ovw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1duvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36782.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (bacteria) Strain: SL1344 / Gene: argI, SL1344_4399 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A0H3NPU3, ornithine carbamoyltransferase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 2.0 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris-Cl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97927 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 13, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97927 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 36844 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 30.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 1111728 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1DUV Resolution: 1.903→41.975 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.27 Å2 / Biso mean: 25.1092 Å2 / Biso min: 1.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.903→41.975 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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