+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6obz | ||||||
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Title | Crystal structure of FluA-20 Fab | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / anti-flu antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.73 Å | ||||||
Authors | Wilson, I.A. / Lang, S. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2019 Title: A Site of Vulnerability on the Influenza Virus Hemagglutinin Head Domain Trimer Interface. Authors: Bangaru, S. / Lang, S. / Schotsaert, M. / Vanderven, H.A. / Zhu, X. / Kose, N. / Bombardi, R. / Finn, J.A. / Kent, S.J. / Gilchuk, P. / Gilchuk, I. / Turner, H.L. / Garcia-Sastre, A. / Li, S. ...Authors: Bangaru, S. / Lang, S. / Schotsaert, M. / Vanderven, H.A. / Zhu, X. / Kose, N. / Bombardi, R. / Finn, J.A. / Kent, S.J. / Gilchuk, P. / Gilchuk, I. / Turner, H.L. / Garcia-Sastre, A. / Li, S. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Crowe Jr., J.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6obz.cif.gz | 349.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6obz.ent.gz | 282.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6obz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6obz_validation.pdf.gz | 446.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6obz_full_validation.pdf.gz | 452.9 KB | Display | |
Data in XML | 6obz_validation.xml.gz | 43.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6obz_validation.cif.gz | 65.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6oc3C 6ocbC 4kmtS 5bv7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25154.039 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23508.186 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M tri-sodium citrate 20% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.03319 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 19, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03319 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→50 Å / Num. obs: 92959 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.76 Å / Redundancy: 3.2 % / Num. unique obs: 4414 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.21 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4KMT, 5BV7 Resolution: 1.73→50 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.45
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.73→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 54.0703 Å / Origin y: 63.2522 Å / Origin z: 129.9427 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |