+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gjf | ||||||
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Title | Ancestral endocellulase Cel5A | ||||||
Components | ENDOGLUCANASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ancestral reconstructed / cellulase | ||||||
Function / homology | Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Barruetabena-Garate, N. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2019 Title: Resurrection of efficient Precambrian endoglucanases for lignocellulosic biomass hydrolysis Authors: Barruetabena-Garate, N. / Alonso-Lerma, B. / Galera-Prat, A. / Joudeh, N. / Barandiaran, L. / Aldazabal, L. / Arbulu, M. / Alcalde, M. / De Sancho, D. / Gavira, J.A. / Carrion-Vazquez, M. / Perez-Jimenez, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gjf.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gjf.ent.gz | 977.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gjf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6gjf_validation.pdf.gz | 493.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6gjf_full_validation.pdf.gz | 506.5 KB | Display | |
Data in XML | 6gjf_validation.xml.gz | 86.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6gjf_validation.cif.gz | 133.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/6gjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/6gjf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3pzvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 33620.301 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ancestral reconstructed / Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: cellulase |
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-Non-polymers , 5 types, 2111 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v PEG 4K PH range: 8.0-9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 15, 2018 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→71.08 Å / Num. obs: 310126 / % possible obs: 99.43 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06782 / Rpim(I) all: 0.04339 / Rrim(I) all: 0.08074 / Net I/σ(I): 9.79 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.502 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4738 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 30944 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.3056 / Rrim(I) all: 0.5655 / % possible all: 99.29 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3pzv Resolution: 1.45→71.08 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 15.29
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Bsol: 32.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→71.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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