+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fzj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | PPAR gamma mutant complex | ||||||
Components | (Peroxisome proliferator-activated receptor ...) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / nuclear receptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / Mitochondrial protein degradation / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / mitochondrial membrane ...Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / Mitochondrial protein degradation / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / mitochondrial membrane / aerobic respiration / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.011 Å | ||||||
Authors | Rochel, N. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Recurrent activating mutations of PPAR gamma associated with luminal bladder tumors. Authors: Rochel, N. / Krucker, C. / Coutos-Thevenot, L. / Osz, J. / Zhang, R. / Guyon, E. / Zita, W. / Vanthong, S. / Hernandez, O.A. / Bourguet, M. / Badawy, K.A. / Dufour, F. / Peluso-Iltis, C. / ...Authors: Rochel, N. / Krucker, C. / Coutos-Thevenot, L. / Osz, J. / Zhang, R. / Guyon, E. / Zita, W. / Vanthong, S. / Hernandez, O.A. / Bourguet, M. / Badawy, K.A. / Dufour, F. / Peluso-Iltis, C. / Heckler-Beji, S. / Dejaegere, A. / Kamoun, A. / de Reynies, A. / Neuzillet, Y. / Rebouissou, S. / Beraud, C. / Lang, H. / Massfelder, T. / Allory, Y. / Cianferani, S. / Stote, R.H. / Radvanyi, F. / Bernard-Pierrot, I. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fzj.cif.gz | 254.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6fzj.ent.gz | 205.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fzj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6fzj_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6fzj_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6fzj_validation.xml.gz | 27.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6fzj_validation.cif.gz | 39.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6fzfC 6fzgC 6fzpC 6fzyC 1prgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Peroxisome proliferator-activated receptor ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 31431.480 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: M280I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PPARG, NR1C3 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: P37231 #2: Protein/peptide | Mass: 1523.854 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
---|
-Non-polymers , 4 types, 412 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 55 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20% PEG 550 MME, 10% PEG 20 000, 30 mM sodium fluoride, 30 mM sodium bromide, 30 mM sodium iodide, 0.1 M sodium Hepes / MOPS pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 10, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.011→15.18 Å / Num. obs: 46076 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1146 / Net I/σ(I): 9.77 |
Reflection shell | Resolution: 2.011→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.7271 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PRG Resolution: 2.011→15.18 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.56
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.011→15.18 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|