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Yorodumi- PDB-6cmv: Crystal structure of Archaeal Biofilm Regulator (AbfR2) from Sulf... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cmv | ||||||
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Title | Crystal structure of Archaeal Biofilm Regulator (AbfR2) from Sulfolobus acidocaldarius | ||||||
Components | Transcriptional regulator Lrs14-like protein | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / wHTH / Archaea / biofilm | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Sulfolobus acidocaldarius (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Essen, L.-O. / Vogt, M.S. / Banerjee, A. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2018 Title: Crystal structure of an Lrs14-like archaeal biofilm regulator from Sulfolobus acidocaldarius. Authors: Marian S Vogt / Simon L Völpel / Sonja Verena Albers / Lars Oliver Essen / Ankan Banerjee / Abstract: The small winged helix-turn-helix (wHTH) proteins of the Lrs14 family are major transcriptional regulators and act as archaeal biofilm regulators (AbfRs) in the crenarchaeote Sulfolobus ...The small winged helix-turn-helix (wHTH) proteins of the Lrs14 family are major transcriptional regulators and act as archaeal biofilm regulators (AbfRs) in the crenarchaeote Sulfolobus acidocaldarius. Here, the first crystal structure of an AbfR ortholog, AbfR2, the deletion of which is known to impair biofilm formation, is presented. Like most other wHTH orthologs, AbfR2 is dimeric in solution as well as in its 2.45 Å resolution crystal structure. Given the presence of three independent AbfR2 dimers in the asymmetric unit, the crystal structure shows a considerable degree of conformational variation within the dimer, the antiparallel orientations of which are stabilized by coiled-coil interaction between H4 helices. Conserved anchor interactions between helices H0 and H4 of AbfR2 further contribute to dimer stabilization. The combined structural and bioinformatic analysis reveals cluster-specific structural differences between different members of the Lrs14 protein family. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cmv.cif.gz | 299.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cmv.ent.gz | 256 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cmv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6cmv_validation.pdf.gz | 513.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6cmv_full_validation.pdf.gz | 529.2 KB | Display | |
Data in XML | 6cmv_validation.xml.gz | 29.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6cmv_validation.cif.gz | 39.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16536.510 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus acidocaldarius (acidophilic) Gene: ATY89_00385, ATZ20_03430 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0U3FE21, UniProt: Q4J9G1*PLUS #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: mother liquor: 45% (v/v) MPD, 0.1 M Bicine (pH 9) mixed 1:1 with 13.5 mg/mL protein in 300 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 3, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→47.16 Å / Num. obs: 36289 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03478 / Rrim(I) all: 0.04919 / Net I/σ(I): 14.87 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.538 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3555 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3595 / CC1/2: 0.647 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.45→47.157 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→47.157 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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