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Yorodumi- PDB-6bun: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bun | |||||||||
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Title | Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica | |||||||||
Components | Cyanuric acid amidohydrolase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Moorella thermoacetica (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | |||||||||
Authors | Shi, K. / Aihara, H. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Plos One / Year: 2019 Title: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis. Authors: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bun.cif.gz | 580.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bun.ent.gz | 475.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bun.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6bun_validation.pdf.gz | 487.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6bun_full_validation.pdf.gz | 498.3 KB | Display | |
Data in XML | 6bun_validation.xml.gz | 64.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6bun_validation.cif.gz | 95.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bun | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6bumC 6buoC 6bupC 6buqC 6burC 6cwjC 6dhjC 4nq3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 38484.652 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: Q102A, E102A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (bacteria) Strain: ATCC 39073 / JCM 9320 / Gene: Moth_2120 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase |
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-Non-polymers , 5 types, 1343 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MLI / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-PDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 20%PEG3350, 100mM CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→89.33 Å / Num. obs: 139408 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.81 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Num. unique obs: 6814 / CC1/2: 0.771 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NQ3 Resolution: 1.78→81.524 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.08
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→81.524 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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