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Yorodumi- PDB-5y5g: Structure of cytochrome P450nor in NO-bound state: damaged by hig... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y5g | ||||||
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Title | Structure of cytochrome P450nor in NO-bound state: damaged by high-dose (5.7 MGy) X-ray | ||||||
Components | NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / metal-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase (NAD(P)H) activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Fusarium oxysporum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.36 Å | ||||||
Model details | cytochrome P450nor low dose data | ||||||
Authors | Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Ueno, G. / Murakami, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Sugimoto, H. ...Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Ueno, G. / Murakami, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Kubo, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate. Authors: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. ...Authors: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / Sawai, H. / Takeda, H. / Mizohata, E. / Yamashita, A. / Kanematsu, Y. / Takano, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Nureki, O. / Shoji, O. / Ikemoto, Y. / Murakami, H. / Owada, S. / Tono, K. / Yabashi, M. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Iwata, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Kubo, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y5g.cif.gz | 213.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y5g.ent.gz | 165.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y5g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y5g_validation.pdf.gz | 786.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5y5g_full_validation.pdf.gz | 788.2 KB | Display | |
Data in XML | 5y5g_validation.xml.gz | 25.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5y5g_validation.cif.gz | 41.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5y5fC 5y5hC 5y5iC 5y5jC 5y5kC 5y5lC 5y5mC 1cl6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44420.691 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fusarium oxysporum (fungus) / Gene: CYP55A1, CYP55 / Plasmid: pRSET-C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P23295, nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Chemical | ChemComp-NO / |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.6 Details: 17% PEG 10000, 0.1 M BIS-TRIS 0.1 M Ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: May 18, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.36→50 Å / Num. obs: 87504 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 13.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 9.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1CL6 Resolution: 1.36→26.972 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.63
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.46 Å2 / Biso mean: 20.0579 Å2 / Biso min: 8.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.36→26.972 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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