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Yorodumi- PDB-5uht: Structure of the Thermotoga maritima HK853-BeF3-RR468 complex at ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uht | ||||||
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Title | Structure of the Thermotoga maritima HK853-BeF3-RR468 complex at pH 5.0 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / Two component system HK853 RR468 / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.68 Å | ||||||
Authors | Liu, Y. / Rose, J. / Jiang, L. / Zhou, P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: A pH-gated conformational switch regulates the phosphatase activity of bifunctional HisKA-family histidine kinases. Authors: Liu, Y. / Rose, J. / Huang, S. / Hu, Y. / Wu, Q. / Wang, D. / Li, C. / Liu, M. / Zhou, P. / Jiang, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uht.cif.gz | 303.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uht.ent.gz | 244.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uht.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uht_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5uht_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 5uht_validation.xml.gz | 29.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5uht_validation.cif.gz | 39.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uht | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6azrC 3dgeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 29509.477 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 232-489 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / Gene: TM_0853 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q9WZV7 #2: Protein | Mass: 13913.255 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / Gene: TM_0468 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q9WYT9 |
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-Non-polymers , 5 types, 103 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 1:1 mixture of protein solution with mother liquor solution; Protein solution contains: 10 mg/mL HK853cp, 7.5 mg/mL RR468, 10 mM Tris (pH 8.0), 7 mM MgCl2, 5 mM BeCl2, 30 mM NaF, 4 mM AMPPNP. ...Details: 1:1 mixture of protein solution with mother liquor solution; Protein solution contains: 10 mg/mL HK853cp, 7.5 mg/mL RR468, 10 mM Tris (pH 8.0), 7 mM MgCl2, 5 mM BeCl2, 30 mM NaF, 4 mM AMPPNP. Mother liquor solution contains: 0.1 M citric acid (pH 4.0), 0.8 M ammonium sulfate. Adjust final pH to 5.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 29, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.68→49.19 Å / Num. obs: 32777 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 20.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.68→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.875 / % possible all: 87.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3dge Resolution: 2.68→49.19 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 22.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.68→49.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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