+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5efz | ||||||
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Title | Monoclinic structure of the acetyl esterase MekB | ||||||
Components | Homoserine O-acetyltransferase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / acetyl ester hydrolase / Pseudomonas veronii / transferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information ethyl acetate hydrolase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / biosynthetic process / hydrolase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas veronii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Toelzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J. / Niefind, K. | ||||||
Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2016 Title: A novel esterase subfamily with alpha / beta-hydrolase fold suggested by structures of two bacterial enzymes homologous to l-homoserine O-acetyl transferases. Authors: Tolzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J. / Niefind, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5efz.cif.gz | 815 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5efz.ent.gz | 682.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5efz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5efz_validation.pdf.gz | 521.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5efz_full_validation.pdf.gz | 538.4 KB | Display | |
Data in XML | 5efz_validation.xml.gz | 82 KB | Display | |
Data in CIF | 5efz_validation.cif.gz | 117.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efz | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39746.938 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas veronii (bacteria) / Gene: mekB / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q0MRG5, Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups, homoserine O-acetyltransferase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.5 0.8 M sodium dihydrogen phosphate 1.2 M di-potassium hydrogen phosphate Drop: 0.1 microliter ethylene glycol 0.8 microliter protein solution 0.8 microliter reservoir solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 27, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→46.28 Å / Num. obs: 201791 / % possible obs: 99.61 % / Redundancy: 3.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.859 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.82→46.28 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→46.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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