+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dqz | ||||||
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Title | Crystal Structure of Cas-DNA-PAM complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli K12 (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2015 Title: Structural and Mechanistic Basis of PAM-Dependent Spacer Acquisition in CRISPR-Cas Systems. Authors: Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dqz.cif.gz | 603.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dqz.ent.gz | 498.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dqz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5dljC 5dqtC 5dquC 4p6iS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-CRISPR-associated ... , 2 types, 6 molecules DCABFE
#1: Protein | Mass: 33235.418 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K12 (bacteria) / Strain: K12 / Gene: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q46896, Hydrolases; Acting on ester bonds #4: Protein | Mass: 10527.212 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K12 (bacteria) / Strain: K12 / Gene: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P45956, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules GH
#2: DNA chain | Mass: 11022.056 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA-PAM-F / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) |
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#3: DNA chain | Mass: 10982.031 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA-PAM-R / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) |
-Non-polymers , 2 types, 171 molecules
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.97 Å3/Da / Density % sol: 68.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50mM Na cacodylate,0.9mM spermine,18mM Magnesium chloride, 1.8mM Cobalt chloride, 9% isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 13, 2015 / Details: Mono-chromator and mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 76448 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 69.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.135 / Net I/av σ(I): 17.295 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 590102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4P6I Resolution: 2.7→29.534 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 195.98 Å2 / Biso mean: 83.0881 Å2 / Biso min: 40.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→29.534 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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