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Yorodumi- PDB-4uoi: Unexpected structure for the N-terminal domain of Hepatitis C vir... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uoi | ||||||
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Title | Unexpected structure for the N-terminal domain of Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 | ||||||
Components | GENOME POLYPROTEIN | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HEPATITIS C VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.49 Å | ||||||
Authors | El Omari, K. / Iourin, O. / Kadlec, J. / Harlos, K. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2014 Title: Unexpected Structure for the N-Terminal Domain of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E1 Authors: El Omari, K. / Iourin, O. / Kadlec, J. / Fearn, R. / Hall, D.R. / Harlos, K. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. #1: Journal: Nat.Commun. / Year: 2014 Title: Unexpected Structure for the N-Terminal Domain of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E1. Authors: El Omari, K. / Iourin, O. / Kadlec, J. / Sutton, G. / Harlos, K. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uoi.cif.gz | 172.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uoi.ent.gz | 145.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uoi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uoi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uoi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9616.738 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 16-94 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HEPATITIS C VIRUS / Strain: H77 / Plasmid: PHLSEC / Cell line (production host): HEK293T / Production host: HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: H9XGD6 #2: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.89 Å3/Da / Density % sol: 75 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.8 Details: 15% (WT/V) PEG 1500, 3.6% (WT/V) PEG 4000 AND 0.05 M SODIUM ACETATE PH 4.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 15137 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 88.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.63 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 3.49→31.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9158 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9182 / SU R Cruickshank DPI: 0.891 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.972 / SU Rfree Blow DPI: 0.385 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.386
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Displacement parameters | Biso mean: 117.45 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.925 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.49→31.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.49→3.73 Å / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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