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Yorodumi- PDB-3ze5: Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ze5 | ||||||
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Title | Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase - delta4 | ||||||
Components | DIACYLGLYCEROL KINASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / CLLD / LIPID METABOLISM / IN MESO CRYSTALLISATION / LIPID CUBIC PHASE / LIPIDIC MESOPHASE / THERMOSTABLE MUTANT / MONOACYLGLYCEROL / 7.8 MAG | ||||||
Function / homology | Function and homology information diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ESCHERICHIA COLI K-12 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.101 Å | ||||||
Authors | Li, D. / Vogeley, L. / Pye, V.E. / Lyons, J.A. / Aragao, D. / Caffrey, M. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Crystal Structure of the Integral Membrane Diacylglycerol Kinase. Authors: Li, D. / Lyons, J.A. / Pye, V.E. / Vogeley, L. / Aragao, D. / Kenyon, C.P. / Shah, S.T.A. / Doherty, C. / Aherne, M. / Caffrey, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ze5.cif.gz | 142.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ze5.ent.gz | 115.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ze5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ze5_validation.pdf.gz | 432.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ze5_full_validation.pdf.gz | 433 KB | Display | |
Data in XML | 3ze5_validation.xml.gz | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3ze5_validation.cif.gz | 16.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ze3SC 3ze4C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14240.527 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ESCHERICHIA COLI K-12 (bacteria) Description: THE GENE WAS SYNTHESIZED BASED ON THE DGKA NUCLEOTIDE SEQUENCE OF ESCHERICHIA COLI K12, WITH ADDITIONAL NUCLEOTIDES ENCODING HIS TAG SEQUENCES AT THE N- TERMINUS. SITE-DIRECTED MUTATIONS WERE MADE USING PCR. Plasmid: PTRCHISB-DGKA_DELTA4 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): WH1061 / References: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP) Sequence details | THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE ...THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE PROTEIN HAS SEVEN MUTATIONS. THEY ARE I53C, I70L, M96L AND V107D. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.49 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 5.6 Details: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE ...Details: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M LITHIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE CELSIUS WITH THE 7.8 MONOACYLGLYCEROL (7.8 MAG) AS THE HOSTING LIPID. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9778 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2010 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→60.05 Å / Num. obs: 11008 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 107.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3ZE3 Resolution: 3.101→45.678 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.81 / Stereochemistry target values: ML Details: THE 3-FOLD SYMMETRY BETWEEN CHAINS A, B AND C WAS NOT HELPFUL FOR REFINEMENT AND THEREFORE NOT USED.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 111.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.101→45.678 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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