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Yorodumi- PDB-3wa2: High resolution crystal structure of copper amine oxidase from ar... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wa2 | ||||||
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Title | High resolution crystal structure of copper amine oxidase from arthrobacter globiformis | ||||||
Components | Phenylethylamine oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / oxidase / copper binding / post-translationally derived quinone cofactor | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / : / primary-amine oxidase / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arthrobacter globiformis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.08 Å | ||||||
Authors | Murakawa, T. / Hayashi, H. / Sunami, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Kuroki, R. / Suzuki, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: High-resolution crystal structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis: assignment of bound diatomic molecules as O2 Authors: Murakawa, T. / Hayashi, H. / Sunami, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Kuroki, R. / Suzuki, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wa2.cif.gz | 455.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wa2.ent.gz | 377.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wa2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3wa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3wa2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3wa3C 1iu7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules X
#1: Protein | Mass: 69009.836 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 9-629 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter globiformis (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P46881, primary-amine oxidase |
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-Non-polymers , 9 types, 940 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CU / | ||||||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-NA / | ||||||||||||
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | ChemComp-PGE / #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-OXY / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / pH: 6.8 Details: 1.05 M potassium tartrate, 25 mM HEPES (pH 6.8), MICRODIALYSIS, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: May 19, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.08→100 Å / Num. obs: 663537 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 9.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1iu7 Resolution: 1.08→31.97 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / SU ML: 0.09 / Phase error: 14.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.08→31.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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