[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3okf: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-Dehydroquinate Syn... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3okf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-Dehydroquinate Synthase (aroB) from Vibrio cholerae | ||||||
Components | 3-dehydroquinate synthase | ||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 3-dehydroquinate synthase / NAD | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae O1 biovar eltor (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-Dehydroquinate Synthase (aroB) from Vibrio cholerae. Authors: Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3okf.cif.gz | 287.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3okf.ent.gz | 235.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3okf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3okf_validation.pdf.gz | 979.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3okf_full_validation.pdf.gz | 987.1 KB | Display | |
Data in XML | 3okf_validation.xml.gz | 28.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3okf_validation.cif.gz | 39.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3okf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3okf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3clhS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 42424.766 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (bacteria) Strain: N16961 / Gene: aroB / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-DE3 (Magic) References: UniProt: C3NUY1, UniProt: Q9KNV2*PLUS, 3-dehydroquinate synthase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 181 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.56 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: Protein: 3.5 mGr/mL 0.01M Tris-HCL pH 8.3, 1mM Dehydroquinate (DHQ); Screen: Classics II (B6), 0.49M Sodium phosphate, 0.91M Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 19, 2010 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→30 Å / Num. all: 30764 / Num. obs: 30764 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 19.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1480 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CLH Resolution: 2.5→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 17.539 / SU ML: 0.186 / Isotropic thermal model: Isotropically Individually Refined / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.251 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.904 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→29.62 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|