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Yorodumi- PDB-3l34: The crystal structure of a two-component sensor domain (2nd form)... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l34 | ||||||
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Title | The crystal structure of a two-component sensor domain (2nd form) from Pseudomonas aeruginosa PA01 | ||||||
Components | Sensor protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / two-component sensor / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ATP-binding / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphatase activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of a two-component sensor domain from Pseudomonas aeruginosa PA01 Authors: Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3l34.cif.gz | 394.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3l34.ent.gz | 324.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3l34.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3l34_validation.pdf.gz | 482.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3l34_full_validation.pdf.gz | 496.6 KB | Display | |
Data in XML | 3l34_validation.xml.gz | 40.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3l34_validation.cif.gz | 58.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/3l34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/3l34 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3kkbSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | Experimentally unknown. The chains A and B, C and D, E and F, G and H are expected to form dimers, respectively. |
-Components
#1: Protein | Mass: 14557.721 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA5484, Pseudomonas aeruginosa / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): pPK1037 / References: UniProt: Q9HT87, histidine kinase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.1M Ammonium acetate 0.1M Sodium acettae 30% PEG4000, 15% glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 16, 2009 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→42 Å / Num. all: 93984 / Num. obs: 93984 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 26.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4477 / % possible all: 94.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KKB Resolution: 1.7→41.392 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.659 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→41.392 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain H |