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Yorodumi- PDB-3is1: Crystal structure of functional region of UafA from Staphylococcu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3is1 | ||||||
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Title | Crystal structure of functional region of UafA from Staphylococcus saprophyticus in C2 form at 2.45 angstrom resolution | ||||||
Components | Uro-adherence factor A | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / DEv-IgG fold / Cell wall / Hemagglutinin / Peptidoglycan-anchor / Secreted / Virulence | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Tanaka, Y. / Matsuoka, E. / Shouji, Y. / Kuroda, M. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011 Title: Crystal structure of the functional region of Uro-adherence factor A from Staphylococcus saprophyticus reveals participation of the B domain in ligand binding Authors: Matsuoka, E. / Tanaka, Y. / Kuroda, M. / Shouji, Y. / Ohta, T. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3is1.cif.gz | 170.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3is1.ent.gz | 134.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3is1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3is1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3is1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49511.371 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: functional region, residues 376-811 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus (bacteria) Strain: ATCC 15305 / Gene: SSP0135, uafA / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) / References: UniProt: Q4A0V8 |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 300mM tri-lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32B2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RIGAKU JUPITER 210 / Detector: CCD / Date: Nov 3, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 18642 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 4.7 % / Rsym value: 0.061 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.54 Å / Redundancy: 4 % / Num. unique all: 1697 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 90.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.45→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.143 / SU ML: 0.184 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.266 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.804 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→19.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.452→2.515 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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