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Yorodumi- PDB-3hyi: Crystal structure of full-length DUF199/WhiA from Thermatoga maritima -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hyi | ||||||
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Title | Crystal structure of full-length DUF199/WhiA from Thermatoga maritima | ||||||
Components | Protein DUF199/WhiA | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / LAGLIDADG / homing endonuclease / helix-turn-helix / HTH | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34 Å | ||||||
Authors | Kaiser, B.K. / Clifton, M.C. / Shen, B.W. / Stoddard, B.L. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2009 Title: The structure of a bacterial DUF199/WhiA protein: domestication of an invasive endonuclease Authors: Kaiser, B.K. / Clifton, M.C. / Shen, B.W. / Stoddard, B.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hyi.cif.gz | 68.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hyi.ent.gz | 50.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hyi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/3hyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/3hyi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34301.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: no affinity purification tag / Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: MSB8 / Gene: TM1708, TM_1708 / Plasmid: pET24 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL / References: UniProt: Q9X234 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: R-AXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 8, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Ni filter / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.34→50 Å / Num. all: 13590 / Num. obs: 13400 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 27 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.42 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1294 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: N-terminal "LAGLIDADG" domain of T. maritima DUF199/WhiA Resolution: 2.34→35.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.218 / SU ML: 0.213 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.279 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.876 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→35.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.341→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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