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- PDB-2z1u: Crystal Structure of Hydrogenase Maturation Protein HypE in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z1u
タイトルCrystal Structure of Hydrogenase Maturation Protein HypE in complex with ATP
要素Hydrogenase expression/formation protein HypE
キーワードLYASE / alpha-beta fold / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl dehydratase HypE / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Carbamoyl dehydratase HypE / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Hydrogenase expression/formation protein HypE
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shomura, Y. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Hydrogenase Maturation Protein HypE in the Apo and ATP-bound Forms
著者: Shomura, Y. / Komori, H. / Miyabe, N. / Tomiyama, M. / Shibata, N. / Higuchi, Y.
履歴
登録2007年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase expression/formation protein HypE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6524
ポリマ－36,0961
非ポリマー5563
水3,279182
1
A: Hydrogenase expression/formation protein HypE
ヘテロ分子

A: Hydrogenase expression/formation protein HypE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3048
ポリマ－72,1922
非ポリマー1,1126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area22450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.628, 67.628, 184.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hydrogenase expression/formation protein HypE


分子量: 36096.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Hildenborough / 遺伝子: hypE / プラスミド: pPROExHTb / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72F88
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 25% MPD, 5mM MgCl2, 2mM ATP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.3 Å / Num. all: 33941 / Num. obs: 33715 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3294 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→33.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.096 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22837 1707 5.1 %RANDOM
Rwork0.19987 ---
obs0.20136 31944 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.478 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20.89 Å20 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 33 182 2690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5412.0033453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8465333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75223.267101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.01315416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.631523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21701
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6691.51697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13122635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9713929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0374.5818
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 129 -
Rwork0.246 2317 -
obs--98.55 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.0329 Å / Origin y: 20.3031 Å / Origin z: 14.9515 Å
111213212223313233
T-0.13 Å20.2154 Å2-0.0451 Å2--0.2763 Å2-0.0234 Å2---0.2926 Å2
L1.7962 °2-0.5398 °21.362 °2-1.0253 °2-1.0146 °2--4.4137 °2
S-0.2063 Å °-0.0766 Å °0.0257 Å °0.5206 Å °0.304 Å °-0.0206 Å °0.0889 Å °-0.2192 Å °-0.0978 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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