[English] 日本語
Yorodumi- PDB-2nxv: Structure of the 6th ORF of the Rhodobacter blastica ATPase opero... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nxv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of the 6th ORF of the Rhodobacter blastica ATPase operon; Majastridin | ||||||
Components | ATP synthase subunits region ORF 6 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / majastridin / ATPase operon / glycosyl transferase / Rossmann fold / sulphur SAD | ||||||
Function / homology | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ATP synthase subunits region ORF 6 Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodobacter blasticus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD based on native sulphurs / Resolution: 1.1 Å | ||||||
Authors | Enroth, C. / Strid, A. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2008 Title: Crystal structure of a protein, structurally related to glycosyltransferases, encoded in the Rhodobacter blasticus atp operon. Authors: Enroth, C. / Strid, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2nxv.cif.gz | 246.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2nxv.ent.gz | 199.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2nxv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxv | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28851.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter blasticus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P05449 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.92 % |
---|
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 |
---|---|
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.1→72.56 Å / Num. obs: 295175 / % possible obs: 95.3 % / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.1→1.16 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 71.2 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD based on native sulphurs / Resolution: 1.1→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.657 / SU ML: 0.014 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.488 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.1→19.96 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | T33: -0.0035 Å2 / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|