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Yorodumi- PDB-1n9r: Crystal structure of a heptameric ring complex of yeast SmF in sp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1n9r | ||||||
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Title | Crystal structure of a heptameric ring complex of yeast SmF in spacegroup P4122 | ||||||
Components | Small nuclear ribonucleoprotein F | ||||||
Keywords | TRANSLATION / snrnp / Sm protein / heptamer | ||||||
Function / homology | Function and homology information splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / poly(U) RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP ...splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / poly(U) RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Collins, B.M. / Cubeddu, L. / Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Kornfeld, G.D. / Dawes, I.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2003 Title: Homomeric ring assemblies of eukaryotic Sm proteins have affinity for both RNA and DNA: Crystal structure of an oligomeric complex of yeast SmF Authors: Collins, B.M. / Cubeddu, L. / Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Kornfeld, G.D. / Dawes, I.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1n9r.cif.gz | 106 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1n9r.ent.gz | 84.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1n9r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1n9r_validation.pdf.gz | 483.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 1n9r_full_validation.pdf.gz | 505.9 KB | Display | |
Data in XML | 1n9r_validation.xml.gz | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | 1n9r_validation.cif.gz | 28 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n9r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1n9sC 1i81S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10630.022 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P54999 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: PEG 3350, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.9393 Å |
Detector | Detector: AREA DETECTOR |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9393 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→79 Å / Num. all: 19819 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 84.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.8 Å |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1I81 truncated to poly-serine Resolution: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement used / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.316 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.8 Å / Lowest resolution: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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