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万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

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キーワード検索の結果

10,673件中、1から20件目までを表示しています

名称EMDBPDBSASBDB
Homo sapiens (ヒト)11964676620
Escherichia coli (大腸菌)212899930
Mus musculus (ハツカネズミ)219692330
synthetic construct (人工物)215389820
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)221442490
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)191841240
Rattus norvegicus (ドブネズミ)79539380
Bos taurus (ウシ)100637240
Escherichia coli K-12 (大腸菌)86826010
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)74923920
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)72520530
Gallus gallus (ニワトリ)21425030
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)29821570
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)11322280
Sus scrofa (ブタ)71913830
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)12119680
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)79012140
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)9217700
Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)7415960
Bacillus subtilis (枯草菌)12314550

ページ:

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万見生物種について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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