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- EMDB-8839: The Hsp90 Co-chaperon R2TP Forms a Hexameric Platform -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8839
タイトルThe Hsp90 Co-chaperon R2TP Forms a Hexameric Platform
マップデータRvb1 and Rvb2 complexed with Tah1 and Pih1. Map with bfactor compensation applied.
試料
  • 複合体: Complex of Rvb1 and Rvb2 together with Tah1 and Pih1
    • Other: Rvb1p
    • Other: Rvb2p
    • Other: Pih1p
    • Other: Tah1p
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Tian S / Yu G / He H / Liu P / Marshall A / Demeler B / Stagg S / Li H
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM66958 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-11-57490 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM099604 米国
XSEDE allocationMCB-070039 米国
National Science Foundation (NSF, United States)ACI-1339649 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Pih1p-Tah1p Puts a Lid on Hexameric AAA+ ATPases Rvb1/2p.
著者: Shaoxiong Tian / Ge Yu / Huan He / Yu Zhao / Peilu Liu / Alan G Marshall / Borries Demeler / Scott M Stagg / Hong Li /
要旨: The Saccharomyces cerevisiae (Sc) R2TP complex affords an Hsp90-mediated and nucleotide-driven chaperone activity to proteins of small ribonucleoprotein particles (snoRNPs). The current lack of ...The Saccharomyces cerevisiae (Sc) R2TP complex affords an Hsp90-mediated and nucleotide-driven chaperone activity to proteins of small ribonucleoprotein particles (snoRNPs). The current lack of structural information on the ScR2TP complex, however, prevents a mechanistic understanding of this biological process. We characterized the structure of the ScR2TP complex made up of two AAA+ ATPases, Rvb1/2p, and two Hsp90 binding proteins, Tah1p and Pih1p, and its interaction with the snoRNP protein Nop58p by a combination of analytical ultracentrifugation, isothermal titration calorimetry, chemical crosslinking, hydrogen-deuterium exchange, and cryoelectron microscopy methods. We find that Pih1p-Tah1p interacts with Rvb1/2p cooperatively through the nucleotide-sensitive domain of Rvb1/2p. Nop58p further binds Pih1p-Tahp1 on top of the dome-shaped R2TP. Consequently, nucleotide binding releases Pih1p-Tah1p from Rvb1/2p, which offers a mechanism for nucleotide-driven binding and release of snoRNP intermediates.
履歴
登録2017年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月4日-
マップ公開2017年10月4日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.167
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.167
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8839.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rvb1 and Rvb2 complexed with Tah1 and Pih1. Map with bfactor compensation applied.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.43 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.167 / ムービー #1: 0.167
最小 - 最大-0.10875608 - 0.27144766
平均 (標準偏差)0.00086830085 (±0.022501906)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 349.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.432.432.43
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z349.920349.920349.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.1090.2710.001

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添付データ

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ハーフマップ: Rvb1 and Rvb2 complexed with Tah1 and Pih1. Halfmap1

ファイルemd_8839_half_map_1.map
注釈Rvb1 and Rvb2 complexed with Tah1 and Pih1. Halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Rvb1 and Rvb2 complexed with Tah1 and Pih1. Halfmap2

ファイルemd_8839_half_map_2.map
注釈Rvb1 and Rvb2 complexed with Tah1 and Pih1. Halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Rvb1 and Rvb2 together with Tah1 and Pih1

全体名称: Complex of Rvb1 and Rvb2 together with Tah1 and Pih1
要素
  • 複合体: Complex of Rvb1 and Rvb2 together with Tah1 and Pih1
    • Other: Rvb1p
    • Other: Rvb2p
    • Other: Pih1p
    • Other: Tah1p

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超分子 #1: Complex of Rvb1 and Rvb2 together with Tah1 and Pih1

超分子名称: Complex of Rvb1 and Rvb2 together with Tah1 and Pih1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 358 KDa

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分子 #1: Rvb1p

分子名称: Rvb1p / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAG GPSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV Y EGEVTELT PEDAENPLGG YGKTISHVIV ...文字列:
MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAG GPSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV Y EGEVTELT PEDAENPLGG YGKTISHVIV GLKSAKGTKT LRLDPTIYES IQREKVSIGD VIYIEANTGA VK RVGRSDA YATEFDLETE EYVPLPKGEV HKKKEIVQDV TLHDLDVANA RPQGGQDVIS MMGQLLKPKK TEI TEKLRQ EVNKVVAKYI DQGVAELIPG VLFIDEVNML DIEIFTYLNK ALESNIAPVV VLASNRGMTT VRGT EDVIS PHGVPPDLID RLLIVRTLPY DKDEIRTIIE RRATVERLQV ESSALDLLAT MGTETSLRYA LQLLA PCGI LAQTSNRKEI VVNDVNEAKL LFLDAKRSTK ILETSANYL
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: Rvb2p

分子名称: Rvb2p / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPST GKTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE V VEIQIDRS ITGGHKQGKL TIKTTDMETI ...文字列:
MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPST GKTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE V VEIQIDRS ITGGHKQGKL TIKTTDMETI YELGNKMIDG LTKEKVLAGD VISIDKASGK ITKLGRSFAR SR DYDAMGA DTRFVQCPEG ELQKRKTVVH TVSLHEIDVI NSRTQGFLAL FTGDTGEIRS EVRDQINTKV AEW KEEGKA EIVPGVLFID EVHMLDIECF SFINRALEDE FAPIVMMATN RGVSKTRGTN YKSPHGLPLD LLDR SIIIT TKSYNEQEIK TILSIRAQEE EVELSSDALD LLTKTGVETS LRYSSNLISV AQQIAMKRKN NTVEV EDVK RAYLLFLDSA RSVKYVQENE SQYIDDQGNV QISIAKSADP DAMDTTE
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: Pih1p

分子名称: Pih1p / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MADFLLRPIK QRHRNEDKYV SVDAADGSVS KIEPIADFVI KTKLLSANGP EKLQDGRKVF INVCHSPLVP KPEVDFNAR IVFPLIIQNE WEIPIITSCY RMDHDKKGQE CYVWDCCINS DCSRWICDDI QLREILVEWC L ESCEIRDS VVLCRDRIAF PKMKKKGAEL ...文字列:
MADFLLRPIK QRHRNEDKYV SVDAADGSVS KIEPIADFVI KTKLLSANGP EKLQDGRKVF INVCHSPLVP KPEVDFNAR IVFPLIIQNE WEIPIITSCY RMDHDKKGQE CYVWDCCINS DCSRWICDDI QLREILVEWC L ESCEIRDS VVLCRDRIAF PKMKKKGAEL PALEVLNDEL HQDYKAKMHK IIEEEAGDPM SILRGRNDDG DD NNDPDDG TLPPLFPIEN KISGAKIEEI DKNEIAHRNL KQAPAPAPAP HEQQEDVPEY EVKMKRFKGA AYK LRILIE NKAPNSKPDR FSPSYNFAEN ILYINGKLSI PLPRDIVVNA ADIKIFHIRK ERTLYIYI
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #4: Tah1p

分子名称: Tah1p / タイプ: other / ID: 4 / 分類: other
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
MSQFEKQKEQ GNSLFKQGLY REAVHCYDQL ITAQPQNPVG YSNKAMALIK LGEYTQAIQM CQQGLRYTST AEHVAIRSK LQYRLELAQG AVGSVQIPVV EVDELPEGYD RS
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: -1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 83.0 K / 最高: 93.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 1396 / 平均電子線量: 58.68 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 54712 / 詳細: 54712 particles picked
CTF補正ソフトウェア: (名称: ACE (ver. 1), CTFFIND (ver. 3))
詳細: Volume was additionally B-factor corrected after refinement
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was used from a previous negative stain reconstruction
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 4839
詳細Frames were aligned and dose compensated using DE_process_frames-2.5.1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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