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- EMDB-8796: Katanin hexamer in the ring conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8796
タイトルKatanin hexamer in the ring conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: kataninカタニン
    • タンパク質・ペプチド: Meiotic spindle formation protein mei-1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードmicrotubule cytoskeleton / microtubule severing protein / AAA ATPase / p60 / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic spindle elongation / MATH domain binding / striated muscle myosin thick filament assembly / meiotic spindle disassembly / katanin complex / meiotic spindle pole / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / microtubule severing / female meiotic nuclear division ...negative regulation of meiotic spindle elongation / MATH domain binding / striated muscle myosin thick filament assembly / meiotic spindle disassembly / katanin complex / meiotic spindle pole / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / microtubule severing / female meiotic nuclear division / meiotic spindle organization / 紡錘体 / embryo development ending in birth or egg hatching / microtubule depolymerization / isomerase activity / spindle / 紡錘体 / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / protein phosphatase binding / 微小管 / molecular adaptor activity / 細胞分裂 / 中心体 / クロマチン / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Katanin p60 subunit A1 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiotic spindle formation protein mei-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Zehr EA / Szyk A
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Katanin spiral and ring structures shed light on power stroke for microtubule severing.
著者: Elena Zehr / Agnieszka Szyk / Grzegorz Piszczek / Ewa Szczesna / Xiaobing Zuo / Antonina Roll-Mecak /
要旨: Microtubule-severing enzymes katanin, spastin and fidgetin are AAA ATPases important for the biogenesis and maintenance of complex microtubule arrays in axons, spindles and cilia. Because of a lack ...Microtubule-severing enzymes katanin, spastin and fidgetin are AAA ATPases important for the biogenesis and maintenance of complex microtubule arrays in axons, spindles and cilia. Because of a lack of known 3D structures for these enzymes, their mechanism of action has remained poorly understood. Here we report the X-ray crystal structure of the monomeric AAA katanin module from Caenorhabditis elegans and cryo-EM reconstructions of the hexamer in two conformations. The structures reveal an unexpected asymmetric arrangement of the AAA domains mediated by structural elements unique to microtubule-severing enzymes and critical for their function. The reconstructions show that katanin cycles between open spiral and closed ring conformations, depending on the ATP occupancy of a gating protomer that tenses or relaxes interprotomer interfaces. Cycling of the hexamer between these conformations would provide the power stroke for microtubule severing.
履歴
登録2017年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月12日-
マップ公開2017年8月9日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0332
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0332
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5wcb
  • 表面レベル: 0.0332
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8796.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0332 / ムービー #1: 0.0332
最小 - 最大-0.04246327 - 0.13212979
平均 (標準偏差)0.0001964084 (±0.0029341846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 392.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.000393.000393.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-36
NX/NY/NZ528549
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0420.1320.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : katanin

全体名称: kataninカタニン
要素
  • 複合体: kataninカタニン
    • タンパク質・ペプチド: Meiotic spindle formation protein mei-1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: katanin

超分子名称: katanin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 310 KDa

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分子 #1: Meiotic spindle formation protein mei-1

分子名称: Meiotic spindle formation protein mei-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 3.6.4.3
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 51.802359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNGDVQSVIR GYLERAQVAK TMSDAGRWNE AGDLLRQLMT DVKSCKISAS NRDEHDARNT FLRALEANLK LVQQNVRDED DLHEAMTRQ SGSPEPPADP DVWSKPSPPL PSSSKFGATK KGVGAAGPRP REISKSTSSM STNPADVKPA NPTQGILPQN S AGDSFDAS ...文字列:
MNGDVQSVIR GYLERAQVAK TMSDAGRWNE AGDLLRQLMT DVKSCKISAS NRDEHDARNT FLRALEANLK LVQQNVRDED DLHEAMTRQ SGSPEPPADP DVWSKPSPPL PSSSKFGATK KGVGAAGPRP REISKSTSSM STNPADVKPA NPTQGILPQN S AGDSFDAS AYDAYIVQAV RGTMATNTEN TMSLDDIIGM HDVKQVLHEA VTLPLLVPEF FQGLRSPWKA MVLAGPPGTG KT LIARAIA SESSSTFFTV SSTDLSSKWR GDSEKIVRLL FELARFYAPS IIFIDQIDTL GGQRGNSGEH EASRRVKSEF LVQ MDGSQN KFDSRRVFVL AATNIPWELD EALRRRFEKR IFIPLPDIDA RKKLIEKSME GTPKSDEINY DDLAARTEGF SGAD VVSLC RTAAINVLRR YDTKSLRGGE LTAAMESLKA ELVRNIDFEA ALQAVSPSAG PDTMLKCKEW CDSFGAM

UniProtKB: Meiotic spindle formation protein mei-1

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 6 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3837 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2100 / 平均露光時間: 17.5 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 403023
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Generated de novo vis FREALIGN
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 16185
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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