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万見
- EMDB-5474: Dynamics in Cryo EM Reconstructions Visualized with Maximum-Likel... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5474
タイトルDynamics in Cryo EM Reconstructions Visualized with Maximum-Likelihood Derived Variance Maps
マップデータCryo-EM reconstruction of Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point following maturation initiation
試料
  • 試料: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point following maturation initiation
  • ウイルス: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
キーワードtime-resolved / single particle reconstruction (単粒子解析法) / virus maturation / protein folding (フォールディング) / quasi-equivalence / cryo electron microscopy / Nudaurelia Capensis Omega Virus / maximum likelihood estimation (最尤推定) / expectation maximization algorithm (EMアルゴリズム) / heterogeneous particles / variance map
生物種Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Wang Q / Matsui T / Domitrovic T / Zheng Y / Doerschuk PC / Johnson JE
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: Dynamics in cryo EM reconstructions visualized with maximum-likelihood derived variance maps.
著者: Qiu Wang / Tsutomu Matsui / Tatiana Domitrovic / Yili Zheng / Peter C Doerschuk / John E Johnson /
要旨: CryoEM data capture the dynamic character associated with biological macromolecular assemblies by preserving the various conformations of the individual specimens at the moment of flash freezing. ...CryoEM data capture the dynamic character associated with biological macromolecular assemblies by preserving the various conformations of the individual specimens at the moment of flash freezing. Regions of high variation in the data set are apparent in the image reconstruction due to the poor density that results from the lack of superposition of these regions. These observations are qualitative and, to date, only preliminary efforts have been made to quantitate the heterogeneity in the ensemble of particles that are individually imaged. We developed and tested a quantitative method for simultaneously computing a reconstruction of the particle and a map of the space-varying heterogeneity of the particle based on an entire data set. The method uses a maximum likelihood algorithm that explicitly takes into account the continuous variability from one instance to another instance of the particle. The result describes the heterogeneity of the particle as a variance to be plotted at every voxel of the reconstructed density. The test, employing time resolved data sets of virus maturation, not only recapitulated local variations obtained with difference map analysis, but revealed a remarkable time dependent reduction in the overall particle dynamics that was unobservable with classical methods of analysis.
履歴
登録2012年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月2日-
マップ公開2013年10月2日-
更新2013年10月2日-
現状2013年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5474_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point following maturation initiation
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.768 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0001 / ムービー #1: 0.0001
最小 - 最大-0.00089469 - 0.0009674
平均 (標準偏差)0.0000192 (±0.00016826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 553.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.7682.7682.768
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z553.600553.600553.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0010.0010.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point ...

全体名称: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point following maturation initiation
要素
  • 試料: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point following maturation initiation
  • ウイルス: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point ...

超分子名称: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 30min time point following maturation initiation
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral virus / Number unique components: 1

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超分子 #1: Nudaurelia capensis omega virus

超分子名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: NwV (N omega V) / NCBI-ID: 12541 / 生物種: Nudaurelia capensis omega virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: NwV (N omega V)
宿主生物種: Lepidoptera (チョウ目) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2008年2月13日
撮影詳細: Data were collected using the Leginon automated electron microscopy package and data processing was performed using the Appion pipeline.
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1200
詳細The reconstruction uses a maximum likelihood algorithm that explicitly takes into account the continuous variability from one instance to another instance of the particle.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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