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- EMDB-1648: Assembly and Allosteric Mechanism of Molluscan Hemocyanin Reveale... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1648
タイトルAssembly and Allosteric Mechanism of Molluscan Hemocyanin Revealed by Cryo-EM Structure and Pseudo-atomic Model
マップデータThe whole structure of Haliotis diversicolor Hemocyanin isoform 1 (HdH1) is a hollow cylindrical dodecamer. Each of its 20 subunits is composed of 8 functional units (FUs).
試料
  • 試料: Haliotis diversicolor (Gastropod, Mollusca) Hemocyanin isoform 1 (HdH1)
  • タンパク質・ペプチド: Hemocyaninヘモシアニン
キーワードOxygen binding (酸素) / allosteric mechanism
機能・相同性Di-copper centre-containing domain superfamily / 代謝
機能・相同性情報
生物種Haliotis diversicolor (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Xinghong D / Junjie Z / Jiangyong W / Kunpeng L / Donghua C / Qinfen Z / Wah C
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Cryo-EM structure of a molluscan hemocyanin suggests its allosteric mechanism.
著者: Qinfen Zhang / Xinghong Dai / Yao Cong / Junjie Zhang / Dong-Hua Chen / Matthew T Dougherty / Jiangyong Wang / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Wah Chiu /
要旨: Hemocyanins are responsible for transporting O2 in the arthropod and molluscan hemolymph. Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 (HdH1) is an 8 MDa oligomer. Each subunit is made up of ...Hemocyanins are responsible for transporting O2 in the arthropod and molluscan hemolymph. Haliotis diversicolor molluscan hemocyanin isoform 1 (HdH1) is an 8 MDa oligomer. Each subunit is made up of eight functional units (FUs). Each FU contains two Cu ions, which can reversibly bind an oxygen molecule. Here, we report a 4.5 A° cryo-EM structure of HdH1. The structure clearly shows ten asymmetric units arranged with D5 symmetry. Each asymmetric unit contains two structurally distinct but chemically identical subunits. The map is sufficiently resolved to trace the entire subunit Ca backbone and to visualize densities corresponding to some large side chains, Cu ion pairs, and interaction networks of adjacent subunits. A FU topology path intertwining between the two subunits of the asymmetric unit is unambiguously determined. Our observations suggest a structural mechanism for the stability of the entire hemocyanin didecamer and 20 ‘‘communication clusters’’ across asymmetric units responsible for its allosteric property upon oxygen binding.
履歴
登録2009年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年9月24日-
マップ公開2010年11月12日-
更新2016年5月25日-
現状2016年5月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1648_A-1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 300.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The whole structure of Haliotis diversicolor Hemocyanin isoform 1 (HdH1) is a hollow cylindrical dodecamer. Each of its 20 subunits is composed of 8 functional units (FUs).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 432 pix.
= 457.92 Å		1.06 Å/pix.
x 432 pix.
= 457.92 Å		1.06 Å/pix.
x 432 pix.
= 457.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.37 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-0.824038 - 3.20481
平均 (標準偏差)0.140338 (±0.509272)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-216-216-216
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 457.92 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z457.920457.920457.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-216-216-216
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.8243.2050.140

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Haliotis diversicolor (Gastropod, Mollusca) Hemocyanin isoform 1 ...

全体名称: Haliotis diversicolor (Gastropod, Mollusca) Hemocyanin isoform 1 (HdH1)
要素
  • 試料: Haliotis diversicolor (Gastropod, Mollusca) Hemocyanin isoform 1 (HdH1)
  • タンパク質・ペプチド: Hemocyaninヘモシアニン

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超分子 #1000: Haliotis diversicolor (Gastropod, Mollusca) Hemocyanin isoform 1 ...

超分子名称: Haliotis diversicolor (Gastropod, Mollusca) Hemocyanin isoform 1 (HdH1)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 8 MDa / 理論値: 8 MDa / 手法: SDS-PAGE

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分子 #1: Hemocyanin

分子名称: Hemocyanin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Hemocyanin / コピー数: 20 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Haliotis diversicolor (無脊椎動物) / 組織: Blood
分子量実験値: 8 MDa / 理論値: 8 MDa
配列GO: 代謝 / InterPro: Di-copper centre-containing domain superfamily

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 0.2M NaCl , 50mM Tris-HCl, 5mM CaCl2, 5mM MgCl2, pH7.5
グリッド詳細: 1.2/1.3 copper Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 101 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL in-column
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
温度平均: 101 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification
詳細MDS
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 820 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 41650
詳細Particles were automatically boxed out from micrographs by e2boxer.py from EMAN2 single particle analysis software package, and CTF correction was carried out with EMAN program CTFIT. All the 3D reconstruction was done with EMAN1.8.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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